Quando se inicializa o modo gráfico com o comando startx, o sistema procura no diretório do usuário que chamou o comando pelo arquivo oculto .xinitrc para executar os comandos de inicialização do modo gráfico. Caso ele não o encontre, o arquivo padrão do sistema, que se encontra em /etc/X11/xinit/xinitrc, é usado.

São nestes arquivos que devem ser colocadas as chamadas para os programas a serem inicializados com o modo gráfico. Contudo, deve-se ter em mente que os comandos devem ser inseridos antes da chamada para o gerenciador de janelas (normalmente a última linha) e estes mesmos comandos devem ser rodados em segundo plano (inserindo-se um & após a chamada de cada comando) para que a inicialização não pare naquele comando.

Deste modo, caso o usuário queira inicializar, por exemplo, o XMMS junto com seu modo gráfico utilizando o comando startx, ele deve verificar se dentro de seu diretório HOME há o arquivo .xinitrc. Se existir, ele deve inserir a linha de chamada para o XMMS neste arquivo, sempre antes da chamada para seu gerenciador de janelas. Seria algo como:

No caso de não existir este arquivo, o usuário pode criá-lo ou, se tiver permissões de super-usuário, adicionar a chamada para o XMMS no arquivo /etc/X11/xinit/xinitrc. Neste caso, todos os usuários do sistema que utilizarem este arquivo, terão o XMMS inicializado junto com seu modo gráfico.