4. Instalando PHYML em ambiente paralelizado

Usar o PHYML em ambiente paralelizado pode reduzir até 75% do tempo gasto para processar uma sequência de DNA, porém é necessário que os padrões de compilação do software sejam alterados para utilizar o padrão MPI (Message Passing Interface). Essa para que possa funcionar é necessário que o ambiente já esteja configurado. Se ainda não possui um ambiente paralelo leia o artigo que se encontra no link:

• Bioinformática - Instalação do Mr Bayes em ambiente paralelo

O tópico preparando ambiente paralelo com bibliotecas MPI irá mostrar todos os procedimentos da instalação.

4.1 Download do PHYML

Pode obter o arquivo em dois links, no site do projeto está disponível o arquivo binários para as diversas plataformas de sistemas operacionais. O código fonte pode ser encontrado no googlecode.com, abaixo segue os dois endereços para obtenção do PhyML. Importante lembrar que para instalá-lo em paralelo teremos que usar o código fonte.

Download do binário:

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/phyml_v3.0.tar.gz

O arquivo binário não possui a programação paralela.

Download do Código Fonte (Recomendável para MPI).
Download no diretório.

cd /opt

Download:

wget http://phyml.googlecode.com/files/phyml.tar.gz

Descompactar arquivo:

tar xvf phyml.tar.gz

Diretório do código fonte:

cd /phml/scr

A configuração a ser feita estão nos arquivos Makefile e Makefile.am. A diretiva CC=mpicc e DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI devem ser descomentada e a diretiva DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG deve ser comentada como sugere o trecho de código abaixo:


Após configurado, verifique se o automake está instalado, caso contrário instale-o com o comando apt-get install automake. Os comandos abaixo são usados utilizados para compilar o programa.

# aclocal;
# autoconf -f;
# automake -f;
# ./configure;
# make;

Há duas formas de usar o PhyML, como mencionado no início deste documento. Os comandos abaixo podem ser utilizados para iniciá-lo.

Usando interface:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml

Ou:

# mpiexec -np 2 -path /opt/phyml/src/ phyml

Usando linha de comando. Com resultado na saída padrão:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100

Imprimindo resultado em arquivo:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 > logSaida.txt

Sem imprimir na saída padrão;

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 &

Outros parâmetros podem ser utilizados conforme as exigências e perspectivas de resultados, esses parâmetros podem ser consultados no tópico 3.0 Usando PhyML em linha de comando.