Trabalhar com matrizes é um assunto que geralmente provoca muitas dúvidas em programadores iniciantes.

Este script serve como base para trabalhar com ordenação de elementos de matrizes, tanto pelas linhas como pelas colunas.

Qualquer dúvida, entrem em contato.

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/*
  Author: Adelman Wallyson de Sousa Benigno
  Date: 31/05/07
*/
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#define max 100
main()
{
      long int M, N, var1, var2, i, j, matriz[max][max], matriz_aux[max][max];;
      char opcao;
      /*As variáveis var1, var2 sao usadas nos laços e em artificios de troca*/
   
   /*Artificio para repetir o programa.*/       
   while(opcao!='x')
   {   
      /*Cabecalho do programa*/               
      printf("       %c----------------------------------------------------------------%c\n",218,191);
      printf("       | Programa que l%c valores inteiros de uma matriz, e ordena esses |\n",136);
      printf("       | elementos primeiro pelas linhas e depois pelas colunas.        |\n");
      printf("       %c----------------------------------------------------------------%c\n\n",192,217);
      
      /*Menu de opcoes*/ 
      printf("                                  %c--------%c\n",201,187);
      printf("                                  |  MENU  |\n");
      printf("                             %c----%c--------%c----%c\n",218,200,188,191);
      printf("                             |      (L)er       |\n");
      printf("                             |------------------|\n");
      printf("                             |    (O)rdenar     |\n");       
      printf("                             |------------------|\n");
      printf("                             |      Fechar   (x)|\n");       
      printf("                             %c------------------%c\n",192,217);
      
      /*Lendo a opcao do menu*/   
      printf("\n\n    Escolha uma opcao: ");
      scanf("%c", &opcao);

      /*Menu de opcoes*/
      switch(opcao)
      {   
        case 'L':
        case 'l':
     
           /*Lendo o numero de linhas da matriz.*/
           N=0;
           while(N<=0){
              printf("\nDigite o numero de linhas da matriz: ");
              scanf("%d",&N);
              if(N<=0)
                 printf(" \a\nOpcao invalida.\n");
           }

           /*Lendo o numero de colunas da matriz.*/
           M=0;
           while(M<=0){
              printf("\nDigite o numero de colunas da matriz: ");
              scanf("%d",&M);
              if(M<=0)
                 printf(" \a\nOpcao invalida.\n");
           }

           /*Lendo todos os elementos da matriz.*/
           for(i=0; i<N; i++){
              printf("\nDigite os numeros da %d linha: \n", i+1);
              for(j=0; j<M; j++)
                 scanf("%d", &matriz[i][j]);
           }
           
           /*Igualando os elementos de uma matriz a outra para facilitar o processo 
           de ordenanao posteriormente.*/
           for(i=0; i<N; i++){
              for(j=0; j<M; j++)
                 matriz_aux[i][j]= matriz[i][j];
           }
        printf("\nConcluido.\nPressione qualquer tecla para continuar...");
        getch();
        system("cls");
        break; 
        
        case 'O':
        case 'o':     
           
           /*Ordenando os elementos da matriz pelas linhas.*/
           for(i=0; i<N; i++){
              for(j= M-1; j>=0; j--){
                 for(var1= j-1; var1>=0; var1--){
                    if(matriz[i][j]< matriz[i][var1]){
                       var2= matriz[i][j];
                       matriz[i][j]= matriz[i][var1];
                       matriz[i][var1]=var2;
                    }
                 }
              }
           }   
           
           /*Imprimindo a matriz.*/   
           printf("\nMatriz ordenada pelas linhas a partir da original.");
           for(i=0; i<N; i++){
               printf("\n\nLinha %d:\n", i+1);
               for(j=0; j<M; j++)
                   printf("%d ", matriz[i][j]);
           }
           
           /*Ordenando os elementos da matriz pelas colunas.*/
              for(j=M-1; j>=0; j--){
                 for(i= N-1; i>=0; i--){
                     for(var1= i-1; var1>=0; var1--){
                         if(matriz_aux[i][j]< matriz_aux[var1][j]){
                            var2= matriz_aux[i][j];
                            matriz_aux[i][j]= matriz_aux[var1][j];
                            matriz_aux[var1][j]=var2;
                         }
                     }
                 }
              }
            printf("\n");     
           
           /*Imprimindo a matriz.*/   
           printf("\nMatriz ordenada pelas colunas a partir da original.\n");
           for(j=0; j<M; j++){
               printf("\ncoluna %d:\n", j+1);
                  for(i=0; i<N; i++)
                     printf("%d\n", matriz_aux[i][j]);
            }
            printf("\nConcluido.\nPressione qualquer tecla para continuar...");
            
        getch();
        system("cls");
        break;    
        
        case 'X':
        case 'x':
           /*Artificio para fechar o programa*/
           opcao='x';

        default:
           system("cls");  
      }     
   }
}

Exemplo de janela utilizando o compilador Vala

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