Dica rápida para fazer focus stacking com RAW, você vai precisar de:

• Imagemagick;
• Enfuse;
• Hugin

Todos pacotes mainstream são fáceis de instalar pelo gerenciador de pacotes, em Gentoo Linux tenha certeza de habilitar a "use flash raw" para o imagemagick.

O enfuse só trabalha com tif, então teremos que converter o que temos para tif com o imagemagick, recomendo que separe os arquivos em uma pasta específica para o stack.

mogrify -format tif *dng

Depois vamos alinhar as imagens com o hugin, caso já não estejam:

align_image_stack -m -a OUT *tif

Os arquivos tif serão salvos com um sufixo OUT antes do nome original.

E por fim juntar as imagens com o enfuse, é um comando só, então pode copiar e colar:

enfuse \
--exposure-weight=0 \
--saturation-weight=0 \
--contrast-weight=1 \
--hard-mask \
--output=stacked.tif \
OUT*.tif

O resultado estará no arquivo stacked.tif com o qual você poderá editar com o rawtherapee.