Se você se deparar com um caso como esse: Onde o comando df diz que o disco está cheio, mas o Gparted discorda, pode ser o caso do buffer de segurança do formato de partição EXT4 ter sido alcançado, por padrão, ele é de 5%.

NÃO é recomendado ficar mudando esse valor, ele está em 5% para evitar problemas. Mas, se você ainda quiser mudá-lo:

# tune2fs -m 1 /dev/sdX

O "1" é em percentual.