Se você precisa editar e/ou personalizar o menu de forma rápida, além de remover algumas opções(links) para alguns usuários segue a dica.

Como root instale o pacote:

# apt-get install alacarte

Depois basta acessar o terminal logado com a conta do usuário que deseja customizar e executar:

alacarte &

Isso foi muito útil para mim, pois precisei excluir alguns itens para alguns usuários aqui na empresa, porém deixar ativos para outros.

Agora para evitar que usuários comuns tenham acesso ao mesmo, que no X tem o nome de “Main Menu”, geralmente no menu System ou Other, exclua o binário que está na pasta "/usr/share/" e depois mova o binário que está na pasta "/usr/bin/" para "/sbin/" dessa forma somente o root terá acesso ao mesmo.

Ou se preferir, remova o pacote com:

# apt-get remove alacarte

Espero que seja útil para alguém como foi para mim.