O cenário: utilizo o Compiz e o Virtualbox. Recentemente instalei o cairo-dock.

O problema: depois disso percebi que, ao iniciarem, as máquinas virtuais ficavam estranhamente transparentes. Eu tinha que desabilitar o Compiz para conseguir ver o ambiente virtual.

A solução: pois bem, para corrigir execute o gerente de configuração do Compiz, o ccsm, vá em "Regras para janelas" (Enable Windows Rules) na opção "Sem visualização ARGB". No ARGB Visuals, adicione:

class=VirtualBox

A fonte: pronto, a dica eu consegui aqui: Screen transparency problem (View topic) - virtualbox.org

Força a todos que mantém o mundo livre!