O TweetDeck usa a tecnologia Adobe AIR® e tem um tema de cores baseado em tons escuros. Ao término da instalação no Gnome, com tema, ícones, wallpapper etc escolhidos a dedo, vê a aparência dele estar em desarmonia com o resto de seu ambiente. De uma forma simples podemos deixar os temas de cores iguais ou parecidos, melhor integrados à sua área de trabalho.

Partindo do suposto que você já tenha o Adobe AIR e o TweetDeck instalado, vamos mudar suas cores clicando no ícone de configuração e escolher a opção Colors/Font. Ali vamos alterar as cores dele mas, para saber exatamente quais valores o tema do seu Gnome utiliza, vá em Sistema > Preferências > Aparência e escolha seu tema, clique em personalizar e na aba "cores". Agora você tem as cores que o Gnome e o TweetDeck usam. Para uma melhor precisão na cor pegue seu valor em Hexadecimal clicando na cor (isto na janela do Gnome) será algo do tipo #000000 (preto, preto mesmo), na janela do TweetDeck coloque o valor sem o #.

Obs.: O tema que usei é o Ambiance, padrão do Ubuntu Lucid. Se você usar um que não permita mudar as cores, não poderá ver o valor da mesma em hexa. Por isso terá que escolher a cor no olho ou usando um seletor de cores, como o do Gimp por exemplo. Tire uma screenshot de uma janela e com o seletor vá vendo os valores das cores.