Já pensou em usar um sistema de lixeira semelhante a do KDE e Gnome diretamente pelo terminal de comando?

É justamente esta a proposta do aplicativo trash-cli. Veja os recursos deste programa:

• Compatível com o comando rm. É possível definir um alias para linkar o comando rm com trash;
• Relembra a origem do arquivo, hora em que foi deletado e as permissões originais;
• Compatível com a lixeira do KDE;
• Implementa as especificações do FreeDesktop.org,
• Trabalha com disquetes, dispositivos USB etc.

Baixe o arquivo clicando aqui: trash-cli-0.11.1.tar.gz

Requerimentos:

python >= 2.5
python-setuptools >= 2.5

Etapas da instalação:

tar xvfz trash-cli-0.1.10.r55.tar.gz
$ cd trash-cli-0.1.10.r55
$ sudo python setup.py install

Usando o programa:

Para mover o arquivo "foo" para a lixeira, use:

trash-put foo

Para listar todos os arquivos que estão na lixeira, use:

trash-list
2007-08-30 12:36:00 /home/andrea/foo
2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/bar
2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/bar2
2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/foo

Localize um arquivo em específico na lixeira:

trash-list | grep foo
2007-08-30 12:36:00 /home/andrea/foo
2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/foo

Para restaurar um arquivo que está na lixeira:

restore-trash
0 2007-08-30 12:36:00 /home/andrea/foo
1 2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/bar
2 2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/bar2
3 2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/foo2
4 2007-08-30 12:39:41 /home/andrea/foo
What file to restore [0..4]: 4

Para remover todos os arquivos da lixeira (excluir definitivamente):

trash-empty

Para remover arquivos que estão na lixeira já a um determinado número de dias:

trash-empty [days]