Esta dica eu apliquei em meu Ubuntu 10.04-3-LTS, pois alguns ícones da bandeja teimavam em ficar com "fundo" diferente do aplicado ao painel.

Vejam o antes (reparem na "lupa", ícone da "pesquisa/Beagle"):


E o depois:
Para obter o resultado acima, é preciso recorrer aos pacotes do "ppa:cyfex/ppa", notadamente o "gnome-panel" e o "gnome-panel-data".

Então, pelo terminal:

sudo add-apt-repository ppa:cyfex/ppa
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install gnome-panel gnome-panel-data

Mate o painel (aqui não resolveu, mas você pode tentar) ou reinicie a sessão para que os ícones da bandeja não mais apresentem "fundo" diferente do aplicado ao próprio painel (fica muito feio um painel escuro e um ícone com fundo branco).

Comando para 'matar' (reiniciar) o painel:

killall gnome-panel

Aqui a página do PPA indicado:

• https://launchpad.net/~cyfex/+archive/ppa

Aqui a discussão sobre o assunto como "bug":

• https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/banshee/+bug/403135/+index?comments=all

Até a próxima dica.