Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

1. Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

José Cleydson Ferreira da Silva
cleysinhonv

(usa Ubuntu)

Enviado em 12/08/2010 - 09:49h

Você já ouviu falar em Bioinformática? Sabe a importância do software Livre na Bioinformática e na pesquisa?


  


2. MELHOR RESPOSTA

Samuel Leonardo
SamL

(usa XUbuntu)

Enviado em 12/08/2010 - 16:00h

Sim, a primeira vez que ouvi o termo bioinformatica foi em 2009 até comprei uns livros a respeito. No Brasil ainda é uma área nova e o SL se encaixa bem nessa area.
No ano passado tivemos umas palestras sobre bioinformatica e o professor de Biologia que era o palestrante falava da importancia da bioinformatica e do desenvolvimento de ferramentas, ele tentou a todo momento nos incentivar a estudar mais sobre o assunto, isso por causa, segundo ele, que as ferramentas existente eram muito complicadas de se usar, ai nos contou uma história que passou 1 semana para instalar um programa (compilar) no Linux, não lembro qual a distro. Mas mal sabe ele que o certo é que se use SL e não um win XP tosco em um super computador.

Ele falou que em Sobral tem um laboratório bem equipado mas que não tem nenhum ser humano que seja realmente profissional para manipular os equipamentos, o único que estava empregado foi contratado por uma empresa extrangeira e o laboratório ficou às moscas, assim fica a mostra a falta de planejamento/capacidade que alguém sem noção fez.

Eu gosto de ler seus artigos é bom que assim eu me mantenho ligado nessa área :P


3. Re: Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

fabricio erdmann
Fabricio.Er

(usa Debian)

Enviado em 12/08/2010 - 14:44h

já tinha visto o termo é algum lugar mas nada que chamou muito minha atenção, e também já tinha lido sobre programas feitos para simular certos aspectos da vida como o comportamento de bandos de aves voando e células mas sem mencionar o termo bioinformática.

não faço a minima ideia da importância do SL para a bioinformática, conheço só o projeto dessa área feito em SL chamado avida


4. Re: Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

José Cleydson Ferreira da Silva
cleysinhonv

(usa Ubuntu)

Enviado em 12/08/2010 - 15:58h

Olá Fabrício,

Há bastante tempo houvesse a necessidade de fazer novas descobertas na área biologica e para isso o uso de tecnologia está interligado a Biologia. Por exemplo:

---> A matemática está para a Física, assim como;
---> A informática está para a biologia;

Vou aguardar mais alguns comentários para fazer a conclusão desse tópico.
Obrigado por ter comentado.


5. Re: Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

José Cleydson Ferreira da Silva
cleysinhonv

(usa Ubuntu)

Enviado em 12/08/2010 - 16:10h

Olá Samuel,

Obrigado por reconhecer o esforço que faço em escrever esses artigos. Acredito que os mesmos realmente são de extrema importância, devido ao fato que você mesmo comentou a respeito do professor que levou uma semana para instalar o software no linux.
A minha intenção com esses artigos são justamente documentar o esforço do dia-a-dia do analista que trabalha com bioinformática. Quem sabe se o professor tivesse lido um desses artigos não poderia ter economizado tempo. O que quero realmente é trazer pessoas da área para que possam usar o viva o linux como fonte de conhecimento e pesquisa na área de Sistemnas Operacionais Linux.
Pretendo reunir algumas spessoas na comunidade Open Source Bioinformatics.

Vou aguardar mais comentarios para concluir a intenção.
Obrigado por comentar.


6. Re: Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

Alberto Federman Neto.
albfneto

(usa openSUSE)

Enviado em 12/08/2010 - 16:38h

sim, a USP mesmo tem grupos de Bioinformática. a galera usa muito linux.
tem um amigo que faz pós nisso.
ele usa slackware e faz os programas que usa em Perl.
um dos maiores feitos da Bioinformática, é a finalização do projeto do Genoma Humano, que a Celeron Gnomics contribuiu, o completo seguenciamento do DNA Humano, para o qual contribuiram iclusive pesquisadores brasileiros.
No Brasil, a Bioinformática solucionou o seguenciamento da praga de Lavoura "Amarelinho"


7. Re: Open Source Bioinformatics! [RESOLVIDO]

José Cleydson Ferreira da Silva
cleysinhonv

(usa Ubuntu)

Enviado em 12/08/2010 - 16:43h

Olá Alberto,

É verdade a USP tem grupos de bioinformática, que usam bastante Linux e usam ferramentas de extrema importância na analise de Genomas. Esses softwares são livre e de código aberto. Alguns de altissima complexidade que não são liberados para uso comenrcial.

No aguardo de mais posts para conclusão da ideia.
Obrigado por comentar.


8. Software Livre & Bioinformática

José Cleydson Ferreira da Silva
cleysinhonv

(usa Ubuntu)

Enviado em 16/08/2010 - 09:38h

De fato a bioinformática é uma área que relativamente é nova, embora já tenha sido usado softwares na decada de 70 e 80 sua força se extende de 10 anos para a data atual, devido a melhor desepenho dos computadores. Os softwares da bioinformática são de conhecimentos complexos e de uma área multidiciplinar que envolve ciências da computação, biologia molecular, matemática, física e estatistica.

Grande parte dos softwares estão disponibilizados no source forge com licença GNU, o que está ajudando pesquisadores do mundo inteiro usar esses softwares em suas linhas de pesquisas. Eles em sua maioria são feitos para se usar em ambinete linux devido a filosofia de uso. O que propõe-se que os softwares possam ser usados segundo a licença do mesmo. Um dos objetivos aqui no VOl é apresentar como o software Livre pode atuar de forma significativa no campo acadêmico.

Para tornar de conheciemento dos usuários e propulsores do Open Source resolvi debater um pouco sobre esse assunto. nos encontramos logo mais com artigos sobre a área. E respondendo tópicos na comunidade Open Source Bioinformatics.


Comunidade Open Source Bioinformatics
http://www.vivaolinux.com.br/comunidade/Open-Source-Bioinformatics

Um abraço a todos!









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