Salix ou Slackware para uso em bioinformática [RESOLVIDO]
1. Salix ou Slackware para uso em bioinformática [RESOLVIDO]
removido
(usa Nenhuma)
Enviado em 11/11/2016 - 02:22h
Boa noite para todos,Tenho algumas dúvidas sobre usar Slack ou Salix para bioinformática. Acabei escrevendo uma bíblia, mas o começo é um pouco de história e as dúvidas começam a partir do 6º parágrafo.
1 - Iniciei a minha jornada no Linux em 2010 quando fiz um curso de Bioinformática e ganhei um CD de instalação do Ubuntu 10.04 LTS. A primeira coisa que fiz quando cheguei em casa foi tentar instalar em dual boot com o Windows XP e não consegui, o sistema não encontrava o meu HD durante a instalação, em live era lindo, no vamos ver, nada. O pessoal do curso não conseguia me ajudar e demorei mais de uma semana pesquisando até conseguir. Após instalado, fiquei encantado, nunca tinha visto uma velocidade daquelas tanto no boot, quanto para desligar. Era um K62500 com 512 RAM e uma Nvidia que foi reconhecida e instalada por “Drivers Adicionais”. Fiz uso básico (install, update e upgrade) em dual boot, até sair o 12.04. Aí começaram os problemas, a máquina não dava conta, consegui outro pente de 512 de RAM, melhorou, mas tinha muitos bugs e acabei voltando para o Windows que já era o 7 nessa época.
2 - No final de 2014 (Black Friday) comprei esse Ultrabook Asus S46CB, um i5-3317U / 1,7 GHz, 6GB RAM, HD 500GB, SSD 20GB (Cache) e placa híbrida Intel 4000 + Nvidia GT740M (a bem dita da tecnologia Optimus e meu arrependimento até o momento). Assim que chegou atualizei do W8 para 8.1, particionei o HD e fui instalar Ubuntu 14.04, durou uma semana. As temperaturas eram absurdas, bateria já não é das melhores e era engolida pelo sistema, FAN parecia que ia sair voando e de tanto tentar resolver o problema era óbvio que ia quebrar o sistema.
3 - Depois disso a minha saga começou. Perdi a conta de quantas vezes instalei o Ubuntu, já testei Elementary Luna, consegui instalar o Bumblebee nele, mas além de ser a DE mais bonita na minha opinião, não consigo o ver como sistema de trabalho, parece muito prematuro ainda. Já tentei o Freya, Debian 7 e 8 com Gnome várias vezes e mesmo problema, Manjaro XFCE que após uma atualização quebrou, Antergos com Gnome que tentei instalar Bumblebee e tbm quebrou, Opensuse 13.2 com Gnome e quase destruí todos os sistemas que tinha no note, na época não sabia o que tinha feito no GRUB pelo YAST e nem o Windows carregava mais.
4 – Acabei ficando no LMDE 2 com Cinnamon, mas aquilo FAN e temperatura me irritava, vivia acima de 65ºC, instalei cpufreq, linrunner TLP, entre outros e nada. Só não tive coragem de tentar pacotes oficiais da Nvidia e Bumblebee dessa vez. Usei até ficar encanado com aquele problema de terem invadido o servidor e alterado as distros. Novamente fui tentar Ubuntu (ele é nostálgico, foi onde comecei e tenho caso de amor e ódio por ele) que já era 14.04.4, durou apenas 3 dias e removi. Um dia estava lendo um tópico do VOL e o @albfneto comentou que não gostava de Gnome, Cinnamon e Unity pq eram exigentes com placa gráfica e são justamente os DEs que mais gosto. Acabei migrando para Opensuse Leap 42.1 com KDE (mesmo não sendo fã do KDE), não tentei instalar Nvidia + Bumblebee e até agora tem dado certo.
5 - A grande questão é que, além da crise de distro, acho o Opensuse muito inchado, são muitas dependências para instalar um simples programa e se for remover algo vai outros junto, o boot do bicho é lento que dói, até o Windows que agora é o 10 está com um boot muito rápido, tearing na tela, entre outros detalhes que me incomodam. É uma excelente distro e recomendo, caso o que citei atrás não te incomode. Mas o YAST está me deixando preguiçoso e um pouco covarde. Depois que tive aquele problema com o Opensuse 13.2 fico com receio de usar terminal para outra coisa além de instalar e atualizar programas. No início dessa semana atualizei a distro e fui instalar um programa que um Doutorando do nosso lab desenvolveu. Precisava do netbeans e instalei, não consegui rodar o programa e como era de madrugada resolvi olhar isso no outro dia. Desliguei o note e achei estranho ter demorado mais do que o normal. No outro dia estava no laboratório usando o W10, comecei a passar alguns filmes da partição de BCKP para o pendrive de uma amiga e em um dos filmes deu erro, retirei o pen e a minha orientadora me pediu para mostrar as análises que fiquei fazendo de madrugada. Cadê as análises? Não salvaram na partição BCKP. Loguei no Opensuse e nada, entrei na pasta de filmes e o último filme, justamente o que travou tbm tinha sumido. Criei Cuma pasta de teste e voltei para o W10. A pasta estava lá, fechei e abri novamente, cadê a pasta? Hj refiz o mesmo procedimento e quando tento abrir a pasta no W10 aparece um erro de que o arquivo não foi salvo. Estava em dúvida se esperava sair o Leap 42.2 e atualizava ou mudava de distro. Com tudo isso acabei desanimando.
6 - Chega de história, a questão é a seguinte. Sou formado em Biotecnologia e estou terminando o mestrado (02/2017) em Genética e melhoramento de plantas. Após, pretendo engatar um doutorado em Bioinformática, só não decide se vou continuar com análises de sequencias ou modelagem de proteínas. Atualmente estou procurando performance com distros simples, limpas e ambientes leves. Por isso, de tanto ler os posts do @lcavalheiro, @Madruga, @Jbaf, @Xerxeslin, @edps, entre outros, estava decidido começar com o Salix 14.2 XFCE e depois partir para o Slack. Acabei instalando os dois em VM e mesmo não sendo muito fã do XFCE, fui testando para ver o pq esse DE é tão amado por muitos, além de leve. Fiz outra instalação do Slack hoje, mas com KDE4 e realmente não gosto daquilo. Kde é bonito e “leve” (a VM tem 2GB de RAM), mas vem com muita coisa e não me anima.
7 - A maioria dos programas de bioinfo são em tar.gz e alguns .deb ou .rpm (até onde consultei, são a minoria) e preciso aprender instalar eles, alguns precisam ser compilados, caso do Bioconductor e realmente não sei fazer isso. Preciso aprender linguagem R (fato), alguma outra, penso em Python, C ou C++ e um pouco sobre banco de dados. Caso decida trabalhar com modelagem de proteínas, vou precisar da Nvidia funcionando (seria um diferencial). Além de aprender mais sobre Linux, parar de deixar o sistema trabalhar muito por mim e colocar a mão na massa, mas esse não pode ser o foco, as linguagens e BD vem na frente. AS dúvidas são:
- Vou logo para o Slack ou fico com o Salix que é basicamente slack.
- Segui os tutorias do lcavalheiro e do xerxeslin para fazer toda a instalação do Slack e não achei tão tenebroso assim, óbvio que instalei em VM e não usei realmente, pode ser que fique mais complicado e instalar os programas me faça chorar kkkkkkkkk.
- O Slack é mais completo e vem com muita coisa que não utilizaria e seria removido, nesse caso o Salix me parece melhor, porém deixa a entender que no Slack seria mais prático instalar programas de fora (como os de bioinfo) por vir com mais bibliotecas? Não sei.
- Parece que o repositório do Salix é mais completo. Instalei o Spotify direto e no Slack preciso recorrer ao Slackbuild, o que não seria problema.
- Pelo que andei lendo no fórum oficial do Slack, instalar e configurar essa placa híbrida não é algo tão complicado e parece que realmente funciona. Salix seria a mesma coisa?
- Ficar instalando sistema é algo que não me agrada, mas pelo que vi, atualizar ambas as distros para versões novas (14.1 > 14.2) além de ser simples, não corro tanto o risco de quebra. Ou seria melhor ir para o Current?
- O meu HD possui 13 partições (bizarro e preciso resolver isso mais para frente). Além do W10, tenho outra partição de 10GB que uso para testes e me pergunto se seria melhor usar o Lilo ou Grub.
- O Salix 14.2 que tenho em VM era com XFCE está com Mate agora, removi completamente o XFCE para teste. Estou usando ele, mas parece que o XFCE é mais maduro, mesmo não tendo tantas regalias logo de cara. E como o XFCE do Salix vem de fábrica feio se comparado com o do Slack. Sei que são apenas temas, mas parece que falta muita coisa nele.
8 - Bom pessoal, acho que seria isso. Escrevi muito pq talvez alguma informação pode ser útil na hora de darem as opiniões e sanarem dúvidas. Além de detalhista já devem ter percebido que sou muito indeciso. Talvez essas duas distros não seriam as melhores escolhas para essas condições e já pensei em estudar mais e instalar novamente o Debian netinstall para deixar mais leve, talvez um Arch que nunca testei e sei que não quebra tão facilmente assim, enfim. É por isso que gostaria da ajuda de vcs, na teoria tudo funciona, mas só quem usa no dia a dia sabe onde o sapato aperta. Realmente tenho muito para aprender e mesmo lendo os tópicos do fórum para resolver pequenos problemas, sempre copiava os comandos, colava no terminal e já era. Não posso mais ser assim, preciso aprender a mínimo para me virar em um terminal e entender o sistema que estou usando. Bioinformata não é o cara que usa as ferramentas, mas é o cara que desenvolve e/ou modifica alguma ferramenta para sanar a sua necessidade na pesquisa.
Desde já agradeço a todos por pelo menos terem lido tudo isso (ou não) kkkkkkkkkkkkk
Abraços