Erros na instalação de programa [RESOLVIDO]

pedrotaucce
(usa Ubuntu)

Enviado em 08/08/2015 - 19:09h

Oi pessoal, tudo bem?

Sou novo no Linux, então se precisarem de mais algum arquivo ou informação é só falar nos comentários.

Estou precisando instalar o seguinte programa: https://github.com/brettc/partitionfinder/tree/master/programs/phyml_source/ chamado PhyML. Ele na verdade está dentro de outro programa mas é exatamente a versão que preciso utilizar. Quando sigo as instruções da página para instalar (./configure, primeiramente) dá o seguinte erro logo de cara:

configure: error: cannot find install-sh or install.sh in "." "./.." "./../.." 

Olhando no google descobri que poderia tentar isso:

autoreconf -i 

Dando a seguinte mensagem:

configure.ac:19: installing './compile'

configure.ac:16: installing './config.guess'

configure.ac:16: installing './config.sub'

configure.ac:15: installing './install-sh'

configure.ac:15: installing './missing'

Makefile.am: installing './INSTALL'

src/Makefile.am: installing './depcomp' 

Depois, consegui fazer ./configure e deu isto:

checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c

checking whether build environment is sane... yes

checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p

checking for gawk... gawk

checking whether make sets $(MAKE)... yes

checking whether make supports nested variables... yes

checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu

checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu

checking for gcc... gcc

checking whether the C compiler works... yes

checking for C compiler default output file name... a.out

checking for suffix of executables... 

checking whether we are cross compiling... no

checking for suffix of object files... o

checking whether we are using the GNU C compiler... yes

checking whether gcc accepts -g... yes

checking for gcc option to accept ISO C89... none needed

checking whether gcc understands -c and -o together... yes

checking for style of include used by make... GNU

checking dependency style of gcc... gcc3

checking for log in -lm... yes

checking how to run the C preprocessor... gcc -E

checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep

checking for egrep... /bin/grep -E

checking for ANSI C header files... yes

checking for sys/types.h... yes

checking for sys/stat.h... yes

checking for stdlib.h... yes

checking for string.h... yes

checking for memory.h... yes

checking for strings.h... yes

checking for inttypes.h... yes

checking for stdint.h... yes

checking for unistd.h... yes

checking float.h usability... yes

checking float.h presence... yes

checking for float.h... yes

checking for stdlib.h... (cached) yes

checking for string.h... (cached) yes

checking for unistd.h... (cached) yes

checking for an ANSI C-conforming const... yes

checking for inline... inline

checking for size_t... yes

checking for stdlib.h... (cached) yes

checking for GNU libc compatible malloc... yes

checking for stdlib.h... (cached) yes

checking for GNU libc compatible realloc... yes

checking for vprintf... yes

checking for _doprnt... no

checking for floor... yes

checking for pow... yes

checking for rint... yes

checking for sqrt... yes

checking for strchr... yes

checking for strstr... yes

checking that generated files are newer than configure... done

configure: creating ./config.status

config.status: creating Makefile

config.status: creating src/Makefile

config.status: creating config.h

config.status: executing depfiles commands 

Quando fiz

make 

, deu o seguinte erro:

:: Building [phyml]. Version 20150808 ::





gcc  -I. -I..     -ansi -pedantic -Wall -std=c99 -O3 -fomit-frame-pointer -funroll-loops -arch i386 -mmacosx-version-min=10.4 -MT main.o -MD -MP -MF .deps/main.Tpo -c -o main.o main.c

gcc: error: i386: Arquivo ou diretório não encontrado

gcc: error: unrecognized command line option ‘-arch’

gcc: error: unrecognized command line option ‘-mmacosx-version-min=10.4’

make[2]: ** [main.o] Erro 1

make[2]: Saindo do diretório `/home/pedrotaucce/Filogenia/phyml_source/src'

make[1]: ** [all-recursive] Erro 1

make[1]: Saindo do diretório `/home/pedrotaucce/Filogenia/phyml_source'

make: ** [all] Erro 2 

Alguém por favor poderia me ajudar?

Uso Ubuntu 14.04 LTS num laptop Dell Inspiron 14 2330 sem Windows.

Obrigado!

kblokill
(usa Debian)

Enviado em 08/08/2015 - 23:27h

Tente os camandos como root antes de iniciar a instalação novamente:

apt-get install gcc 

apt-get install make 

kblokill

pedrotaucce
(usa Ubuntu)

Enviado em 09/08/2015 - 11:45h

Fiz o que você disse:

sudo apt-get install gcc make

[sudo] password for pedrotaucce: 

Lendo listas de pacotes... Pronto

Construindo árvore de dependências       

Lendo informação de estado... Pronto

gcc já é a versão mais nova.

make já é a versão mais nova.

make configurado para instalar manualmente.

Os seguintes pacotes foram instalados automaticamente e já não são necessários:

  libappindicator1 libindicator7 python-chardet-whl python-colorama

  python-colorama-whl python-distlib python-distlib-whl python-html5lib

  python-html5lib-whl python-pip python-pip-whl python-pyinotify

  python-requests-whl python-setuptools-whl python-six-whl python-urllib3-whl

  python-wheel

Utilize 'apt-get autoremove' para os remover.

0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 12 não atualizados. 

Depois deram os mesmos erros de antes...

pedrotaucce
(usa Ubuntu)

Enviado em 09/08/2015 - 13:52h

Obrigado pela resposta! Mas já tinha isso instalado tbm, continuam os mesmos erros...

abraço!

pedrotaucce
(usa Ubuntu)

Enviado em 09/08/2015 - 14:57h

Clodoaldops, muito obrigado!

Vou explicar porque eu precisava compilar e não de outro lugar (se alguém quiser fazer a mesma coisa que eu e googlar, talvez possa ajudar).

Na realidade eu quero utilizar o programa PartitionFinder v 1.1.1. Porém ele não tem versão para Linux, apenas para Windows e MAC. Porém, no site do programa, nas FAQ ( http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/faq/#toc-linux ), o desenvolvedor diz que para rodar em linux, basta compilar outros dois programas (RAxML e PhyML) dos links que ele mesmo mostra (pois caso contrário poderiam ser outras versões, e assim não funcionaria) e copiá-los pra pasta programs dentro do diretório do Partition Finder. O RAxML eu já tinha instalado a mesma versão do link. Já com relação ao PhyML eu testei duas versões que eu já tinha e estavam compiladas, mas as duas faziam dar erro quando eu rodava o Partition Finder. Resolvi tentar a sua dica, então instalei do jeito que você disse, fui no diretório /usr/bin, copiei o phyml que estava lá e colei na pasta do Partition Finder. Para minha surpresa, deu certo!

Valeu pessoal!