Separar valores dentro de um uma mesma coluna [RESOLVIDO]

Gregori.rov escreveu:

Olá..
Quero agradecer o espaço disponível pelo site para tentar resolver meu problema.
Seguinte, tenho um arquivo no seguinte formato, composto por três colunas:

1 a1 a1
1 b1 b1
1 c1 c1
2 a2 a2
2 b2 b2
2 c2 c2
3 a3 a3
3 b3 b3
3 c3 c3

Isso foi apenas para exemplo, meu arquivo tem de fato três colunas, no entanto, umas 900 MIL linhas, é gigante mesmo.
E preciso que o arquivo fique no formato

1
a1b1c1
a1b1c1
2
a2b2c2
a2b2c2
3
a3b3c3
a3b3c3

O arquivo que necessito é assim mesmo, é devido a exigencia de um programa de genética que preciso usar,
Na linha 1, que está representada pelo Valor "1" seria o individuo, a linha 2 que tem esses valor "a1b1c1" (que precisarão estar um ao lado do outro sem espaço mesmo) seria o alelo 1, enquanto que a linha 3 seria o alelo 3, a partir da linha quatro segue a mesma lógica mas pra outros individuos ("2" e "3" no caso). E no meu arquivo tenho 200 individuos.
O artigo original são três colunas, enquanto que oartigo necessitado será de apenas uma coluna.
Muito obrigado.

#!/bin/bash

	> arq.temp

	sort arq|uniq -c|sed 's/^[ ]\+//' >> arq.temp

	NL=$(awk 'END {print NR}' arq.temp)



	for ((L=1;L<=$NL;L++));do

	if (($L>1));then

	LM=$((L-1))

	LINANT=$(sed -n "$LM"p arq.temp)

	read C1an C2an C3an C4an <<< "$LINANT"

	LINATU=$(sed -n "$L"p arq.temp)

	read C1at C2at C3at C4at <<< "$LINATU"

	#SE C2 LINHA ATUAL = C2 LINHA ANTERIOR

		if [ "$C2at" = "$C2an" ];then

		for ((i=0;i<$C1at;i++));do

		echo -n "$C3at $C4at "

		done



		else

		echo -e "\n$C2at"

		for ((i=0;i<$C1at;i++));do

		echo -n "$C3at $C4at "

		done

		fi

	else

	LINATU=$(sed -n "$L"p arq.temp)

	read C1at C2at C3at C4at <<< "$LINATU"

	echo -e "\n$C2at"

	for ((i=0;i<$C1at;i++));do

	echo -n "$C3at $C4at "

	done

	fi

	done

--------------------------------------------------------------------------------------------------------

EDITADO em 29/03/2016 as 19:50h

Pensando um pouquinho, deu para reduzir o código . . .  :)

  


#!/bin/bash

NL=$(awk 'END {print NR}' $1)

for ((i=1;i<=$NL;i++));do

if egrep -q "\b$i\b" $1;then

echo -e "\n$i"

awk '{if($1=='$i')printf "%s %s " ,$2,$3}' $1;echo

fi

done;echo

 


cat arq

1 A A

1 A A

1 A A

1 A A

2 T T

2 T T

2 T T

2 T T

2 T T

2 T T

2 T T

2 A T

3 B B

3 B B 


--------------------------------------------------------------------------------------------------------

Se resolver, marque como resolvido, por favor.

Gostando da resposta, marque-a como MELHOR, dessa forma, ganho uns pontinhos,

o que incentiva a continuar colaborando, ajudando, participando e compartilhando conhecimentos . . . :)



Att.:

Marcelo



 

Ramlethal escreveu:

#!/bin/bash

last_num=$(head -n 1 $1 | cut -d ' ' -f 1)



while read line; do

    num=$(echo $line | cut -d ' ' -f 1)

    line_1="$line_1 $(echo $line | cut -d ' ' -f 2)"

    line_2="$line_2 $(echo $line | cut -d ' ' -f 3)"



    if [ "$num" != "$last_num" ]; then

        echo $last_num

        echo $line_1

        echo $line_2



        line_1="$(echo $line | cut -d ' ' -f 2)"

        line_2="$(echo $line | cut -d ' ' -f 3)"

    fi

    last_num=$num

done < $1



echo $last_num

echo $line_1

echo $line_2 

Ramlethal escreveu:

#!/bin/bash

last_num=$(head -n 1 $1 | cut -d ' ' -f 1)



while read line; do

    num=$(echo $line | cut -d ' ' -f 1)

    line_1="$line_1 $(echo $line | cut -d ' ' -f 2)"

    line_2="$line_2 $(echo $line | cut -d ' ' -f 3)"



    if [ "$num" != "$last_num" ]; then

        echo $last_num

        echo $line_1

        echo $line_2



        line_1="$(echo $line | cut -d ' ' -f 2)"

        line_2="$(echo $line | cut -d ' ' -f 3)"

    fi

    last_num=$num

done < $1



echo $last_num

echo $line_1

echo $line_2 

./ORDENA-vol.sh arq

215

A A A A T

A A A A T

3000

T T T T T T T A

T T T T T T T T

 

msoliver escreveu:


-----------------------------------------------------------------------------------------
Segue a minha colaboração . . .

#!/bin/bash

	> arq.temp

	sort arq|uniq -c|sed 's/^[ ]\+//' >> arq.temp

	NL=$(awk 'END {print NR}' arq.temp)



	for ((L=1;L<=$NL;L++));do

	if (($L>1));then

	LM=$((L-1))

	LINANT=$(sed -n "$LM"p arq.temp)

	read C1an C2an C3an C4an <<< "$LINANT"

	LINATU=$(sed -n "$L"p arq.temp)

	read C1at C2at C3at C4at <<< "$LINATU"

	#SE C2 LINHA ATUAL = C2 LINHA ANTERIOR

		if [ "$C2at" = "$C2an" ];then

		for ((i=0;i<$C1at;i++));do

		echo -n "$C3at $C4at "

		done



		else

		echo -e "\n$C2at"

		for ((i=0;i<$C1at;i++));do

		echo -n "$C3at $C4at "

		done

		fi

	else

	LINATU=$(sed -n "$L"p arq.temp)

	read C1at C2at C3at C4at <<< "$LINATU"

	echo -e "\n$C2at"

	for ((i=0;i<$C1at;i++));do

	echo -n "$C3at $C4at "

	done

	fi

	done



Se resolver, marque como resolvido, por favor.

Gostando da resposta, marque-a como MELHOR, dessa forma, ganho uns pontinhos,

o que incentiva a continuar colaborando, ajudando, participando e compartilhando conhecimentos . . . :)



Att.:

Marcelo