Ler uma sequências fasta e separar por tamanho [Bioinformática]
Publicado por José Cleydson Ferreira da Silva (última atualização em 03/06/2017)
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Homepage: geminivirus.org
O presente script lê um arquivo no formato fasta e separa por tamanhos < 9000; < 18000; >18000 em três arquivos diferentes.
Como utilizar?
1) Após download é preciso alterar a permissão do arquivo:
chmod +x get_by_length.pl
2) O script pode ser executado assim:
./get_by_length.pl arquivo.fasta
ou
perl get_by_length.pl arquivo.fasta
O resultado será direcionado para três arquivos diferentes:
arquivo.fasta_9000.fasta
arquivo.fasta_9000_18000.fasta
arquivo.fasta_18000_20504.fasta
#!/usr/bin/perl open in,"<$ARGV[0]"; $i=0; while($line = <in>){ chomp $line; if($line =~ m/>/){ $key = $line; }else{ $fasta{$key} .= $line; } } $i=0; while( ($key,$seq) = each %fasta){ if( $i < 9000){ open out,">>1000/$key_9000.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; }elsif($i < 18000){ open out,">>1000/$key_9000_18000.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; }else{ open out,">>1000/$key_18000_20504.fasta"; print out $key,"\n"; print out $seq,"\n"; close out; } } close in;
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