Você pode colocar legendas que podem ser ativadas ou desativadas em um CD com um vídeo em Divx desde que a legenda tenha o mesmo nome do vídeo. No caso do meu DVD, que lê Divx, outra necessidade é que a legenda esteja no formato .srt.
Daí surge um problema, pois a grande dificuldade de lidar com legendas no formato .srt no Linux é que os melhores editores como subtitleeditor e ksubtile, por exemplo, lêem o formato .srt mas não salvam neste formato (apenas em .sub, .ssa, etc).
Uma solução é usar o editor gaupol:
$ sudo apt-get install gaupol
Para editar a legenda utilizar a opção:
Tools -> Adjust Position
Para ajustar a segunda parte da legenda (em caso de desincronia).
O segredo para gravar em formato .srt, salvar na opção:
Arquivo -> Salvar
Se você for em:
Arquivo -> Salvar Como
Não encontrará o formato .srt (somente .ssa, .sub, etc).
Aproveite para conferir (e alterar se for necessário) o FPS da legenda para o mesmo FPS do vídeo (que pode ser visto pelo avidemux, por exemplo).
Desta maneira você pode facilmente sincronizar suas legendas .srt.