Se você instalou o PHP pelo apt-get, verá que ele apenas instala algumas bibliotecas para suportar a interpretação do código no Apache (ou outro webserver). Assim, não há possibilidade de rodar um script em PHP pela linha de comando, coisa que o PHP suporta.

Após alguns minutos de pesquisa, consegui solucionar o problema. Baixe o pacote phpX-cli (onde X é a versão do seu PHP: 3, 4, 5). Exemplo, para baixar o interpretador do PHP 5, use:

# apt-get install php5-cli

Agora você já pode rodar seus scripts, independentemente do Apache. Apenas dê:

$ php arquivo.php

Obs.: Para usar extensões (como o MySQL), você deve usar:

dl("nome_da_extensão." + PHP_SHLIB_SUFFIX);

Abraços ;-)