Esta dica é para quem está tentando efetuar a instalação/upgrade do mysql-community-server no RedHat/CentOS 6. Após a instalação/upgrade, podendo ocorrer o erro abaixo.

Ocorrência de erro:

Fatal error: mysql.user table is damaged. Please run mysql_upgrade

Ocorre após a instalação/upgrade do mysql-server (mysql-community-server-5.7.13-1.el6.x86_64).

SOLUÇÃO

Abra um novo terminal e levante o serviço em modo seguro:

sudo mysqld_safe --skip-grant-tables

Enquanto estiver no serviço mysqld seguro, execute no outro terminal:

sudo mysql_upgrade -u root -p

Pronto! Agora é só configurar as credenciais de root do mysql-server:

sudo /usr/bin/mysql_secure_installation

A partir daqui, é com vocês a customização do ambiente...

Securing the MySQL server deployment.

Enter password for user root: 

OBS.: se não existia nenhum mysql-server e for a primeira instalação, por padrão a senha de root é em branco (sem senha).

Change the password for root ? ((Press y|Y for Yes, any other key for No) : y

New password:
Re-enter new password:

Remove anonymous users? (Press y|Y for Yes, any other key for No) : y
Success.

Disallow root login remotely? (Press y|Y for Yes, any other key for No) : No

Remove test database and access to it? (Press y|Y for Yes, any other key for No) : y
 - Dropping test database...
Success.

 - Removing privileges on test database...
Success.

Reloading the privilege tables will ensure that all changes
made so far will take effect immediately.

Reload privilege tables now? (Press y|Y for Yes, any other key for No) : Y
Success.

All done!

Agora é só testar!