Entre no seu diretório raiz:

# cd /

E execute:

# for i in `ls -l | awk '{print $8}' | grep -v "var"`; do du -sh $i; done

Ao executar no terminal será listado toda sua árvore de diretórios a partir da raiz com o tamanho que cada um ocupa no disco:

Obs.: O comando grep -v "var" tem função de excluir o diretório /var da checagem, pode ser modificado para qualquer um outro diretório, para checar todos retire esse comando.

Exemplo do resultado:

3,4M bin
6,5M boot
0 cdrom
208K dev
20M etc
48K home
4,0K initrd
0 initrd.img
56M lib
16K lost+found
12K media
4,0K mnt
4,0K opt
259M proc
18M root
2,9M sbin
4,0K selinux
4,0K srv
0 sys
12K tmp
480M usr
0 vmlinuz