Logo ao plugar o pendrive, você deve abrir o Terminal e digitar o comando:
sudo lsblk

E tentar identificar o seu dispositivo do pendrive em questão. Como exemplo, normalmente deverá aparecer algo assim:


Retire tudo que estiver em seu pendrive. Aqui, o pendrive apareceu no diretório /dev/sda1. Mas ele deverá estar apenas como sda no final, pois SDA é o dispositivo e o(s) número(s) representa(m) a partição(ões) do pendrive.

Verifique a instalação do Gparted:
sudo apt install gparted

Assim que abrir o Gparted, você seguirá as seguintes telas:

Após CRIAR A TABELA DE PARTIÇÕES no pendrive, não crie partições nele.

Vamos para o terminal. Faça isso:

E seu pendrive estará inicializável perfeitamente.