Antes de mais nada, esta dica foi testada em Linux Debian Lenny, Squeeze e Ubuntu 9.10, com as versões 8.3 e 8.4 do PostgreSQL.

Primeiro, vamos mover tudo do diretório /var/lib/postgresql/8.4/main. Para isso faça o login com o usuário root:

su

Agora vamos navegar até o diretório:

# cd /var/lib/postgresql/8.4/main

Então vamos mover os arquivos para um diretório acima, ou anterior... como queiram falar:

# mv * ../

Vamos precisar de apenas dois arquivos desses que movemos. Movi tudo, pois não sei o que cada um tem no diretório especificado, então fica mais fácil do que colar apenas o conteúdo do meu diretório. Então vamos voltar um diretório acima e mover dois arquivos:

# cd ..
# mv server.key server.crt main
# chown postgres.postgres main

Faça o login com o usuário postgres:

# su postgres

E digite isso:

/usr/lib/postgresql/8.3/bin/initdb --pgdata=/var/lib/postgresql/8.3/main/ --encoding=LATIN1 --locale=C --username=postgres -W

Agora você pode criar base de dados com encoding LATIN1.