Eu já passei por esse problema diversas vezes e não encontrava a solução, então utilizava uma solução paliativa que era usar o Megasync no Windows através do VirtualBox. Realmente isso causava muito desconforto. Já vi outras pessoas com esse mesmo problema buscando soluções em fóruns na internet e por isso resolvi deixar aqui essa dica, que apesar de simples, pode evitar muita dor de cabeça.

Se você instalou corretamente o Megasync, sem avisos de erros, e após acionado o programa simplesmente "sumiu" - você não consegue acessar a janela do programa -, mas mesmo assim o processo dele continua ativo no gerenciador de processos, acredito que seu problema seja simples de resolver. Basta ativar a área de notificações da sua barra de tarefas.

O Megasync fica minimizado na área de notificações por padrão e se ela não estiver ativa, o programa fica inacessível. Perceba que provavelmente o programa, depois de aberto, estará listado nos processos ativos no monitor do sistema, mesmo que você não consiga acessá-lo.

Cada interface gráfica tem o seu próprio caminho para ativar e para acessar a área de notificações depois de ativa, mas geralmente essa opção fica no menu de configurações na barra de tarefas. Procure sobre como ativar ou acessar a área de notificações na sua interface gráfica.

No Cinnamon, que é a minha interface atual, o caminho é o seguinte:

Configurações do Sistema / Miniaplicativos de Notificação -> Área de Notificações