Se você quer rodar um aplicativo sem bordas, como por exemplo o aterm, edite o arquivo ~/.fluxbox/keys da sua pasta HOME e escreva:

<combinação de teclas> :toggledecor

Onde as teclas podem ser:

• mod1 - tecla 'Alt' esquerda;
• mod2 - tecla 'Alt' direita;
• ctrl1 - tecla 'Control' esquerda;
• ctrl2 - tecla 'Control' direita.

Por exemplo, posso usar:

Onde 't' é a tecla t.

Agora, toda vez que você apertar 'Alt-t', a borda da janela com foco vai sumir e se quiser ela de volta, aperte novamente 'Alt-t'.

Se desejar a janela de um aplicativo sem borda por padrão, edite o arquivo ~/.fluxbox/apps na sua pasta HOME e então escreva:

[app] (<aplicativo>)
[Deco] {NONE}
[end]

E voilá, este <aplicativo> não terá mais borda no Fluxbox.