function semana_do_ano($dia,$mes,$ano){

$var=intval( date('z', mktime(0,0,0,$mes,$dia,$ano) ) / 7 ) + 1;

return $var;
}

Basta dar o dia, o mês e o ano, que será retornado o número da semana no ano daquele dia do mês.
A função funciona assim: é calculado quantos dias se passaram entre o dia 1 de janeiro do ano até a data fornecida, isso é realizado com o mktime e o date.
Depois, dividimos por 7 para dar o número de semanas contidos nesse tempo. intval retorna o inteiro dessa divisão, e assim, a função retorna o número de semanas que se passaram, ou seja, o número da semana no ano.

Explicando as funções usadas:
mktime ($hora,$minuto,$segundo,$mes,$dia,$ano) : Retorna o timestamp Unix correspondente para os argumentos dados. Este timestamp é um longo inteiro contendo o número de segundos entre a Era Unix (January 1 1970 00:00:00 GMT) e o tempo especificado. Argumentos podem ser omitidos da direita para esquerda; quaisquer argumentos assim omitidos serão definidos para o valor atual de acordo com a data e a hora local.

date ($formato,$timestamp) : Retorna uma string formatada de acordo com a string '$formato' dada usando o inteiro '$timestamp' dado ou a hora atual se nenhum timestamp é dado. Em outras palavras, timestamp é opcional e o padrão é o valor da função 'time()'.

intval ($var) : Retorna o valor inteiro de '$var', usando a base especificada para a conversão (o padrão é a base 10).

Referências: http://php.net