Primeiro temos que ter o layman instalado, porque iremos usar uma overlay para instalar o Atom. Como vocês podem ver, já o tenho instalado.

Então como root, execute:

# layman -o http://aegypius.github.io/overlay/repositories.xml -f -a aegypius

E depois:

# emerge -va atom

Para instalar:

# emerge atom-bin

Obs.: Eu usei o pacote em binário porque durante a compilação dos sources estava dando um erro.

Resultado: