Para iniciar aplicações automaticamente no Fluxbox edite o arquivo startup na pasta ~/.fluxbox:

$ mousepad ~/.fluxbox/startup

No final do arquivo você irá encontrar algo parecido com isso:


Nesse caso, todas as linhas que não estão comentadas (com # no início) irão iniciar automaticamente ao abrir o Fluxbox. No exemplo acima, o fbpanel e o xscreensaver. Você pode adicionar novas linhas e não esqueça de acrescentar o caractere '&' no final delas.