O Flathub é um repositório para programas Linux que pode ser usado praticamente por qualquer distribuição de modo universal, sem precisar de pacotes ou comandos específicos de instalação que cada distribuição de Linux possui (como apt, dnf, zypper, yum, pacman, etc), bastando apenas configurar o repositório na sua máquina de acordo com a sua distro e partir para a instalação do que você precisa.

A configuração começa indo nessa página: Configurar o Flathub onde você escolhe a distribuição (leia o conteúdo dedicado ao seu sistema) que você está usando e digita uns poucos comandos. No Debian, por exemplo, seria:

sudo apt install flatpak

e depois (se não funcionar em modo usuário, use o modo "sudo"):

flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo


O comando acima serve também para repor o repositório se por alguma razão aparecer alguma mensagem de erro na hora de instalar os programas. Depois dessa etapa de configuração, basta ir na página dos aplicativos Página principal do Flathub e procurar pelo que precisa. Por exemplo, vamos instalar o navegador Opera. Procure por "opera" na barra de busca, clique na opção mais adequado que aparecer e, na janela do programa, no lado superior direito irá aparecer "Instalar". Clique na "setinha" desse "Instalar" e copie o primeiro comando e depois cole no Terminal:

flatpak install flathub com.brave.Browser

Dê os "oks" e "yes" conforme for pedido (não precisa ser root) e aguarde a instalação. Pronto! Programa instalado. Agora vamos a alguns comandos básicos:

flatpak update => atualiza o repositório e avisa da existência de novas versões dos programas já instalados;
flatpak list => faz a listagem dos programas instalados via Flathub;
flatpak uninstall => desinstala o pacote. Aqui você precisa saber o ID do programa que quer desinstalar. Por exemplo, o Brave aparecerá com o comando "flatpak list" como "com.brave.Browser", então o comando de desinstalação seria sem as aspas "flatpak uninstall com.brave.Browser";
flatpak uninstall --unused => vai desinstalar as eventuais dependências deixadas pela desinstalação de outros programas Flathub
rm -r ~/.cache/flatpak => tenha cuidado com esse comando. Ele vai apagar recursivamente a pasta flatpak na pasta .config da sua home com o cache guardado de todas as instalações que você fez. Esse cache são arquivos temporários e índices de atualizações acumulados do repositório que, com o tempo, podem ficar enormes e usar esse comando limpa esses arquivos temporários MAS, ao usar o comando "flatpak update", os índices serão baixados de novo para saber se tem algo a ser atualizado ou não, claro que sem o mesmo tamanho "anormal" de uma instalação que nunca teve o cache esvaziado. Mas não afeta a instalação dos programas já presentes no sistema.

De preferência, nunca tenha duas versões do mesmo programa (Flathub e repositório) na sua máquina, sempre que possível use os programas "oficiais" dos repositórios da sua distribuição e, se por algum erro ou necessidade de precisar de um programa mais novo, use então o Flathub.