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Deepin é uma distribuição baseada no Debian Sid "Unstable", que na sua última versão teve o Nautilus substituído pelo 
Deepin File Manager (dde-file-manager).
Apesar do Deepin File Manager dar ao sistema um ar único, ele está em suas primeiras versões e uma das principais funcionalidades que ainda não foram desenvolvidas no Deepin é a possibilidade de alterar o programa padrão para determinada extensão. 
É possível dar botão direito no arquivo e, em "Abrir com", abrir com outro aplicativo.  Porém, realizar este procedimento com arquivos que você lida frequentemente (como executáveis do Wine) torna-se cansativo.
Eu 
abri um feedback no fórum da Deepin sobre a ausência desta funcionalidade, porém, ainda não recebi retorno.
Apesar desta funcionalidade não estar disponível via interface gráfica, é possível alterar a preferência padrão editando o arquivo de tipos MIME do usuário atual.
Tipo MIME são usados para caracterizar os arquivos para que o sistema operacional possa saber como abri-lo. [1] 
Ele é parte da "mágica" do 
Linux, que detecta o tipo MIME do arquivo e pode abrir o programa corretamente para exibir o arquivo, ainda que ele não possua extensão. 
Para atribuirmos um tipo MIME a um aplicativo, precisamos descobrir o tipo MIME do arquivo usando o comando xdg-mime: 
 xdg-mime query filetype Outlive.exe
application/x-ms-dos-executable
Nós não associamos arquivos diretamente a comandos, mas sim, a arquivos *.desktop, que possuem uma descrição, nome, logo do programa, comentários, entre outras informações sobre determinado programa. 
Em geral, pacotes que possuem interface gráfica instalam arquivos *.desktop automaticamente com a finalidade de exibir um atalho no "Menu iniciar" da interface gráfica das distribuições Linux, normalmente nas seguintes localizações:
-  /usr/share/applications (para aplicativos instalados a nível de sistema) 
-  ~/.local/share/applications (para aplicativos instalados a nível de usuário, ex: aplicativos Wine) 
Você pode usar o Terminal, executar o comando "cd /usr/share/applications" (ou "cd ~/.local/share/applications") e digitar o comando "ls -la" para listar todos os atalhos disponíveis.
Se no "Menu iniciar" não exibir o programa que você deseja associar, você poderá precisar criar o atalho manualmente. Isso é comum, principalmente em executáveis instalados pelo Wine. Por exemplo, para criar um atalho para o jogo para Windows "Outlive", é necessário criar um arquivo *.desktop manualmente no diretório ~/.local/share/applications, caso contrário, ele não será exibido no Menu iniciar.
 nano ~/.local/share/applications/outlive.desktop
[Desktop Entry]
Name=Outlive
Comment=
Exec=wine /home/eduardo/.wine/drive_c/Outlive/Outlive.exe
Icon=/home/eduardo/.wine/drive_c/Outlive/1.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Game;
Keywords=Games
Em geral, as opções são auto-explicativas. 
Adicionaria apenas um pequeno comentário em relação a "Categories". Algumas distribuições (como o Deepin) usam este valor para separar os programas em (pasmem) categorias. 
A iniciativa FreeDesktop definiu categorias comuns para atalhos, que podem ser encontradas em:
 
(mude a categoria de acordo com a categoria que o programa melhor se encaixa - no meu caso, como o Outlive é um jogo, ele enquadra-se na categoria "Game")
Caso você queira preservar as opções disponíveis em "Abrir com", você pode encontrar os programas padrões a nível de sistema com o comando:
 cat /usr/share/applications/mimeinfo.cache |grep application/x-ms-dos-executable
application/x-ms-dos-executable=org.gnome.FileRoller.desktop;wine.desktop;
Agora, edite o arquivo de tipo MIME do usuário atual com o comando:
 ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Na seção "[Default Applications"], adicione o tipo MIME encontrado no comando anterior (application/x-ms-dos-executable) seguido do arquivo *.desktop (wine.desktop) com o respectivo programa, como abaixo:
[Default Applications]
application/x-ms-dos-executable=wine.desktop
Na seção "[Added Associations]", modifique a ordem dos aplicativos padrões para o tipo MIME como abaixo:
[Added Associations]
application/x-ms-dos-executable=wine.desktop;org.gnome.FileRoller.desktop;
Neste caso, o aplicativo padrão para executar arquivos *.exe torna-se o Wine, mas o Gerenciador de arquivos compactados (File Roller) continua sendo uma opção disponível ao darmos botão direito no executável e selecionarmos "Abrir com".
Referências
[1] CCM. Formato de arquivos MIME.  
http://br.ccm.net/contents/649-formato-de-arquivos-mime (Último acesso em 16/07/2017) 
[2] Arch Linux. Default applications. 
https://wiki.archlinux.org/index.php/default_applications