A concretização deste curto artigo surgiu através de um tópico aqui no VOL, mas a idéia já vicejava há algum tempo, tendo em vista certa dificuldade encontrada na instalação do VMD no Debian e no Ubuntu.

Então, resolvi encontrar um tempo na minha agenda apertada (como se eu fosse um sujeito muito ocupado...).

Como sempre, leia todo este singelo texto antes de sair executando os comandos.

VMD

O VMD (Visual Molecular Dynamics) é um software projetado para modelagem, visualização e análise de sistemas biológicos, tais como proteínas, ácidos nucleicos, montagens lipídicas em bicamadas, etc, mas também pode ser utilizado para visualizar moléculas mais gerais.

O VMD pode ler arquivos de proteínas padrão e exibir a sua estrutura. O VMD fornece uma ampla variedade de métodos de renderização e colorização de moléculas: pontos e linhas simples, esferas e cilindros de CPK, tubos de backbone, desenhos animados e outros.

O VMD pode ser usado para animar e analisar a trajetória de uma simulação de dinâmica molecular (DM). Em particular, o VMD pode atuar como uma interface gráfica de um programa externo de dinâmica molecular, exibindo e animando uma determinada molécula.

Instalação

Site do VMD:

• http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html

Para fazer o download do VMD, acesse o link:

• http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

Escolha a versão correta na seção: Version 1.9.1 (2012-02-04) Platforms

Vamos instalar essa versão estável, pois a atual ainda é Beta. Além do que, tanto a versão estável quanto a versão Beta apresentaram o mesmo erro abaixo. Assim que a versão 1.9.2 se tornar estável, siga os mesmos procedimentos aqui descritos para instalação e se o erro continuar persistindo, faça o mesmo procedimento para corrigir o erro.

Escolha a sua versão para download de acordo com o seu sistema, 64 ou 32 bits:

• LINUX_64 OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, with CUDA) --- 64 bits
• LINUX OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) Intel/AMD x86 w/ SSE, with CUDA) --- 32 bits

Após clicar em um dos links, faça a registração, logue-se, aceite a licença e faça o download.

Para a versão 64 bits, é possível fazer o download pelo wget no seguinte link:

# wget http://folk.uio.no/anderhaf/fys3150/vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

Salve o arquivo em um diretório de sua escolha, atualize o sistema e instale as dependências:

# apt-get update
# aptitude safe-upgrade
# aptitude install binutils module-init-tools
# apt-get install csh tcsh
# apt-get install libstdc++6
# apt-get install rlwrap

Descompactando e instalando:

# tar -xzvf vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
# cd vmd-1.9.1

Depois faça:

# ./configure
# cd src
# make install

Terminará com: «VMD installation complete. Enjoy!

Execute:

# vmd

... e deverão abrir as janelas do VMD.

Configuração

Caso apareça o seguinte erro: «rlwrap: No match.

Edite o arquivo:

# vim /usr/local/bin/vmd

Usei o vim, uses teu editor preferido. Dentro do arquivo, encontre essa parte:

  # detect if we have rlwrap available to have commandline editing
  set vmdprefixcmd=""
  if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
  if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
  set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
  else
  set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
  endif
  endif
  endif

E deixe ela assim:


Basicamente, comente as duas linhas colocando um # na frente delas e acrescente as outras duas embaixo de cada uma.

O problema está na flag -b, seguida pela expressão regular -b(){}[],&^%#;|\\ , é só suprimí-las e o VMD funcionará normalmente no Debian.

O aviso aparenta ser um problema do CSH, que não consegue interpretar a expressão regular, por isso o aviso rlwrap: No match, ou seja, rlwrap: não combina, não corresponde.

Entrei no arquivo /usr/bin/rlwrap para encontrar a correspondência da expressão, porém, o mesmo é um arquivo binário e como não tem necessidade destrinchá-lo, encontrei a solução nesse link, mexendo no arquivo /usr/local/bin/vmd.

O rlwrap (readline wrapper) executa um comando especificado, interceptando a entrada do usuário a fim de fornecer a edição de uma linha, a história persistente e a conclusão. Resumindo, o rlwrap, a grosso modo, faz com que o comando vmd seja devidamente interpretado no terminal, sendo que a execução do VMD se dá de forma completa, mesmo com as alterações feitas.

Maiores informações:

man rlwrap

Faça as alterações, salve, saia do arquivo e execute:

# vmd

... que deverá abrir as janelas do VMD. Enjoy.

Para remover, entre nos diretórios:

• /usr/local/bin e /usr/local/lib.
• Delete a pasta vmd, em cada um deles.

E reinstale uma nova versão, se quiser.