Softwares para Biólogos no Linux

roderico

Uma lista dos softwares que utilizo/utilizei para produção científica nas Ciências Biológicas. No final, uma lista de pequenos softwares que me auxiliam na vida acadêmica de forma mais genérica.

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Por: Rodrigo Valentin em 10/06/2015

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Softwares adicionais

Lógico que um biólogo não vive só de softwares para biologia.

Bibus

É um pequeno programa para gestão de referências bibliográficas para Linux. Gosto dele pela simplicidade, mas parece que deixou de ser desenvolvido (Bibus exporta, inclusive, para formato HTML e é possível criar um estilo de acordo com ABNT (+ ou -).

(zotero é um plugin para Firefox com a mesma função, parece estar com o desenvolvimento a todo vapor, mas não me senti bem usando ele... ).

Bibus é software livre que instala através da "Central de Programas" ou (nos Debian-like) do comando mágico:

sudo apt-get install bibus

Para escrita de artigos científicos, eu costumo usar LibreOffice. Infelizmente, não aprendi ainda a usar LaTex... mas, um dia... =)

Edição de imagens com GIMP & LibreOffice Draw (montar pranchas no Draw é moleza).

VIm: tem coisas... que só VIm faz para você...;

Inglês é uma constante para quem lê artigos científicos, então, quando meu vocabulário não dá conta e estou sem acesso à rede, uso GoldenDict com os dicionários do Babylon.

Onde baixar os dicionários:

Editores Premier de Dicionários & Enciclopédias por Babylon

Preciso frequentemente manipular PDFs, e uso as mais diversas ferramentas para isso, conforme o nível de preguiça ou de necessidade: pdfjam, Pdf-shuffler, tesseract para OCR (reconhecimento óptico de caracteres), todos instaláveis pelo nosso querido:

# sudo apt-get install ...

Funçõeszz

Funçõeszz do Aurélio Verde são uma mão na roda em muitas circunstâncias na vida acadêmica, recomendo ter sempre instalado:

http://funcoeszz.net/

Exceto R, Ecolog e treeviewx, que apenas instalei, todos os outros já usei de forma mais intensa.

Conclusão

Se você conhece algum software útil à produção científica na área de Biologia, que funcione a contento no Linux (e com isso não estou incluindo os softwares que servem para ensinar biologia, que acho que não entra no escopo do artigo), sinta-se livre para comentar e posteriormente acrescento aqui, com a devida autoria.

Aos usuários de distros que não utilizam pacotes ".deb", perdão! Não pude testar em outras arquiteturas, e só estou postando aqui o que eu testei pessoalmente.

Adianto apenas que a instalação do ECOLOG será idêntica por ser binário de instalação, e não ".deb".

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Páginas do artigo

1. Softwares diretamente relacionados à produção científica
2. Softwares adicionais

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Comentários

[1] Comentário enviado por removido em 10/06/2015 - 14:03h

Muito bom! O que li a respeito de softwares no meio acadêmico é justamente o oposto.
Que não se compartilha o código e criam projetos colaborativos. Fora licença para uso.
Eu li, mas no momento estou sem a referência.
Isto se traduz em determinado nicho da produção acadêmica e científica.
Gostaria de que alguém esclarecesse em que ponto isto pode soar verdadeiro.
--
Encryption works. Properly implemented strong crypto systems are one of the few things that you can rely on. Unfortunately, endpoint security is so terrifically weak that NSA can frequently find ways around it. — Edward Snowden

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[2] Comentário enviado por santosbrc em 10/06/2015 - 16:15h

Adorei o artigo, eu não sabia que tinha past para Linux e com R, biostat não faz falta ;). Não uso esses softwares a bastante tempo, mas compartilharei a dica com os amigos.

Abs.

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[3] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:33h

[2] Comentário enviado por rafaelocremix em 10/06/2015 - 16:15h

"...eu não sabia que tinha past para Linux"

Abs.

--> Me pareceu que tu entendeu errado (ou fui eu? =) ) O meu Past aqui roda via wine, porque apesar de ser livre, só tem versão rwindows®. E infelizmente os usuários do BioEstat não sabem a facilidade que usuários GNU/Linux têm de instalar o Rcmdr através de um único comando. :3
Abs!

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[4] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:39h

[1] Comentário enviado por listeiro_037 em 10/06/2015 - 14:03h

...O que li a respeito de softwares no meio acadêmico é justamente o oposto.
Que não se compartilha o código e criam projetos colaborativos. Fora licença para uso.
Eu li, mas no momento estou sem a referência.
Isto se traduz em determinado nicho da produção acadêmica e científica.
Gostaria de que alguém esclarecesse em que ponto isto pode soar verdadeiro.
--
Encryption works. Properly implemented strong crypto systems are one of the few things that you can rely on. Unfortunately, endpoint security is so terrifically weak that NSA can frequently find ways around it. — Edward Snowden

Cara, o Stalman veio do meio acadêmico... Mas o que sinto pelo que tenho visto é que se um software se estabelece e ganha muito ampla aceitação, algum malandro vai e fecha o código; mas compensa mais quando é um sistema muito complexo de gerenciamento de grandes centros científicos. Tempo atrás li um artigo gringo fantástico, trabalho de primeira, grande repercussão feito inteiro (ou quase, porque não verifiquei todos ) com SL... e acho que em geral é assim. Mas posso estar enganado.

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[5] Comentário enviado por removido em 12/06/2015 - 22:21h

[4] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:39h
Cara, o Stalman veio do meio acadêmico... Mas o que sinto pelo que tenho visto é que se um software se estabelece e ganha muito ampla aceitação, algum malandro vai e fecha o código; mas compensa mais quando é um sistema muito complexo de gerenciamento de grandes centros científicos. Tempo atrás li um artigo gringo fantástico, trabalho de primeira, grande repercussão feito inteiro (ou quase, porque não verifiquei todos ) com SL... e acho que em geral é assim. Mas posso estar enganado.

Eu me refereia exatamente a essa parte de um espertinho fechar o código de algo que deu certo. O Stallman popularizou a ideia de compartilhar código mas nesse começo era mais código voltado à própria computação. Eu me referia mesmo a algum software do meio científico e parece-me que você expressou bem o que eu queria dizer com esses códigos fechados. Mas eu não sei o quanto nisso há de regra e há de exceção.

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