Como eu parti de uma ISO com MATE (página 1), claro está que o ambiente gráfico padrão é o MATE. O gerenciador de login é o LightDM.

B.3. Personalização:

Iniciei então a personalização do MATE.

Primeiro as Cores e a tela.

Fui em: Sistema → Preferências → Aparência
E escolhi o tema chamado: Green Laguna

Mesma seção, Aparência, fui na aba chamada Plano de Fundo e troquei o papel de parede pelo existente em: /usr/share/backgrounds, o sabayon_darkforest.png (um dos antigos temas padrão do Sabayon versão 6).

Deixei o estilo desse papel de parede em Zoom, as cores em Gradiente Horizontal e alterei essas cores do gradiente, para um tom de azul (#9DBDD4) e outro de verde (#9DD98D), ambos bem claros.

As fontes foram trocadas, deixei assim, como abaixo:
E com resolução de 100 pontos por polegada e suavização em subpixel.

Personalizar os ícones: mesma seção, Aparência.

Depois de escolher o tema Green Laguna, cliquei no botão Personalizar, mudei o tema da barra de janelas (controles) para Murrinaealm e troquei os ícones para Squid (antigo Crux do GNOME 2) e aumentei um pouco o cursor:
Agora personalizei os painéis. O MATE do Sabayon tem 2 painéis, um superior e outro inferior. No padrão, eram cinzentos e pequenos.

Para alterar isso, clicar em cada painel, com o botão direito do mouse, vá em Propriedades. Deste modo, aumentei os dois painéis para 40 pixels e os deixei apenas ligeiramente transparentes e troquei as cores para tons alaranjados e avermelhados, diferentes para cada painel.

Após instalar mais pacotes (página 4), adicionei vários aplicativos aos painéis. Isso é feito clicando no painel com o botão direito do mouse, Adicionar ao Painel, ou indo em Aplicativos (no painel superior), selecione a categoria e o aplicativo, com o botão esquerdo do mouse, Adicionar Aplicativo ao Painel.

Começando do painel superior, da esquerda para a direita:

• Navegador SeaMonkey, navegador Opera, editor Pluma, gerenciador de arquivos Caja, terminal suspenso Guake, mate-terminal, localizar documentos, gaveta, fechar aplicativo ("matar processos"), monitor de hardware, controlador de frequência de CPU, aplicativo de clima, área de notificação, seletor de teclado, volume e monitor de rede.

Painel inferior:

• Ocultar janelas, mostrar janelas abertas, montagem de dispositivos, lixeira, encerrar sessão, desligar, menu do MATE e espaços de trabalho.

B.4 Mais personalizações e resultados:

Os resultado da personalização da tela do MATE. Gerenciador de arquivos é o Marco:
Após a instalação do Compiz-Fusion (ver página 4, item B.5.6 e página 5, item B.6.6), a mesma instalação do MATE, no pendrive, só que agora usando Compiz no lugar do Marco.
Após a instalação do Window Maker (página 4, item B.5), veja a sessão aberta em Window Maker, mesmo pendrive.

Já parcialmente personalizado. Várias aplicações e monitores (Dockapps) "docadas", os dois configuradores gráficos dele, o tema é Brijack e o estilo é BlueViolet, com gradiente e animação de girar 3D as janelas, no fechamento:
Aqui fica uma sugestão: quem nunca usou Window Maker, experimente! Muito leve a altamente personalizável, não parece, mas é. Você troca tudo dele, se quiser.

Você pode querer personalizar outras coisas, como transparências, renderização, o terminal, o Guake (se usar), etc...