Pra começar a brincar no Sabayon, primeiro temos que conhecer a ferramenta 
Entropy e seu comando equo.
Também é possível utilizar a ferramenta nativa do 
Gentoo, o 
Portage, mas não tratarei disso nesse artigo, para isso leiam os excelente artigos do  
albfneto citados na introdução.
Para conhecer o comando 'equo', num terminal digite:
 sudo equo --help
Para atualizar os repositórios configurados:
 sudo equo update
Para procurar por pacotes:
 sudo equo search <pacote1>
Para atualizar o sistema:
 sudo equo upgrade
* Na primeira vez usei as opções: --fetch (apenas baixar os pacotes) e --verbose (mais detalhado), depois fui em frente sem essas opções.
Para instalar programas:
 sudo equo install <pacote1> <pacote2> <pacote3>
* Também é possível usar as opções acima.
Para remover programas (é aí onde mora o perigo):
 sudo equo remove <pacote1> <pacote2> <pacote3>
Temos disponíveis algumas opções:
-  --ask - pergunta antes de realizar qualquer mudança 
-  --pretend - apenas mostra o que seria feito 
-  --nodeps - não remove nenhuma dependência 
-  --configfiles - remove os arquivos de configuração 
Para atualizar os arquivos de configuração:
 sudo equo conf update
* das vezes que tive que digitar isso usei a opção -5.
Bem, chega de blah, blah, blah, qualquer dúvida gritem: Albertooooo kkk!
Personalizando
Antes de tentar instalar qualquer programa, faremos a atualização dos repositórios:
 sudo equo conf update
O correto também seria primeiro atualizar todos os pacotes:
 sudo equo upgrade
Agora vamos lá!
Gerenciador de Arquivos Thunar (completo), LxTerminal, LxPanel, LxRandr, LxAppearance, OpenBox, Htop, Leafpad, Opera, Conky e Nitrogen:
 sudo equo install thunar thunar-archive-plugin thunar-media-tags-plugin thunar-thumbnailers thunar-volman lxterminal lxrandr lxappearance openbox obmenu obconf htop leafpad opera conky x11-misc/nitrogen-1.5
GpicView, Gthumb, XFCE Screenshooter, Gnome Themes, Audacious (completo), MOC, Tilda, Squid e Iptables:
 sudo equo install gpicview gthumb xfce4-screenshooter gnome-icon-theme gnome-themes gnome-themes-extras tilda x11-misc/nitrogen audacious-2.3 audacious-plugins-2.3 audacious-themes moc squid iptables
FluxBox (completo), PcManFM, NTFS-3G, Imagemagick, PPPConfig, PPP, libusb, usb_modeswitch, Htop, Brasero:
 sudo equo install fluxbox fluxconf pcmanfm ntfs3g imagemagick pppconfig ppp dev-libs/libusb usb_modeswitch gksu htop brasero
Sulfur, Codecs, Flash, Java, Abiword, Gnumeric, Galculator, VLC, Exaile, SoundConverter, Transmission e aMule:
 sudo equo install sulfur vorbis-tools lame flac mplayer sox www-plugins/adobe-flash-10.0.45.2 jre abiword gnumeric sci-calculators/galculator aspell-ptbr myspell-ptbr vlc exaile soundconverter-1.4.4 net-p2p/transmission-1.93 net-p2p/amule-2.2.6
O resto é por conta de vocês!
Dicas diversas
O menu FluxBox.
Pra dar uma arrumada no menu do FluxBox rodem o comando abaixo:
 fluxbox-generate_menu
Ou, caso queiram adicionem o conteúdo abaixo no arquivo 
~/.fluxbox/menu (está incompleto pois adaptei a partir do que uso no Debian):
[begin] (Sabayon CoreCDX FluxBox 5.3) {} <>
         [exec] (Editor de Textos) {leafpad}
         [exec] (Gerenciador de Arquivos) {thunar} 
         [exec] (Navegador) {opera}
         [exec] (Terminal) {lxterminal}
    [separator] () {} <>
    [submenu] (Aplicativos Diversos) {} <>
        [exec] (Leafpad [Editor de Textos Simples]) {leafpad} <>
        [exec] (LXTerminal [Terminal de Comandos]) {lxterminal} <>
        [exec] (Nitrogen [Wallpapers]) {nitrogen ~/Imagens} <>
        [exec] (PCManFM [Gerenciador de Arquivos Simples]) {pcmanfm} <>
        [exec] (Thunar File Manager [Gerenciador de Arquivos]) {thunar} <>
        [exec] (Xarchiver [Compactador/Extrator de Arquivos]) {xarchiver} <>
    [end]
    [submenu] (Escritório) {} <>
        [exec] (Gpicview) {gpicview} <>
        [exec] (gThumb) {gthumb} <>
        [exec] (XFCE4 Screenshooter) {xfce4-screenshooter} <>
    [end]
    [submenu] (Jogos) {} <>
        [exec] (lbreakout2) {/usr/games/lbreakout2} <>
        [exec] (LTris) {/usr/games/ltris} <>
        [exec] (Gweled) {/usr/games/gweled} <>
    [end]
    [submenu] (Internet) {} <>
        [exec] (Amule) {amule} <>
        [exec] (Opera) {opera} <>
        [exec] (Transmission) {transmission} <>
    [end]
    [submenu] (Multimídia) {} <>
        [exec] (Audacious) {audacious2} <>
        [exec] (Exaile) {exaile} <>
        [exec] (SoundConverter) {soundconverter} <>
        [exec] (VLC Media Player) {vlc} <>
    [end]
    [submenu] (Sistema) {} <>
        [exec] (FluxConf) {/usr/bin/fluxconf} <>
        [exec] (FluxMenu) {fluxbox-generate_menu} <>
        [exec] (Gparted) {su-to-root -X -c /usr/sbin/gparted} <>
        [exec] (Openbox Configuration Manager) {obconf} <>
        [exec] (Nano) {x-terminal-emulator -T "Nano" -e /bin/nano} <>
        [exec] (Openbox Menu Editor) {obmenu} <>
        [exec] (PCManFM 'ROOT') {gksu pcmanfm} <>
        [exec] (PPPConfig) { x-terminal-emulator -T "pppconfig" -e su-to-root -p root -c /usr/sbin/pppconfig} <>
        [exec] (Sulfur) {gksu sulfur} <>
        [exec] (Top) { x-terminal-emulator -T "Top" -e /usr/bin/top} <>
        [exec] (X-Terminal as root (GKsu\) {/usr/bin/gksu -u root /usr/bin/x-terminal-emulator} <>
        [exec] (Xkill) {xkill} <>
    [end]
    [separator] () {} <>
[submenu] (Fluxbox Menu)
      [config] (Configure) 
[submenu] (Styles)
      [include] (/usr/share/fluxbox/menu.d/styles/) 
[end]
      [workspaces] (Workspace List) 
[submenu] (Tools)
      [exec] (Window name) {xprop WM_CLASS|cut -d \" -f 2|xmessage -file - -center} 
      [exec] (Screenshot - JPG) {import screenshot.jpg && display -resize 50% screenshot.jpg} 
      [exec] (Screenshot - PNG) {import screenshot.png && display -resize 50% screenshot.png} 
      [exec] (Run) {fbrun } 
      [exec] (Regen Menu) {fluxbox-generate_menu } 
[end]
[submenu] (Window Managers)
      [restart] (compiz) {compiz} 
      [restart] (openbox) {openbox} 
[end]
      [commanddialog] (Fluxbox Command) 
      [reconfig] (Reload config) 
      [restart] (Restart) 
      [exec] (About) {(fluxbox -v; fluxbox -info | sed 1d) | xmessage -file - -center} 
      [separator] 
      [exit] (Exit) 
[end]
    [separator] () {} <>
    [submenu] (SAIR) {} <>
        [exec] (Desligar o computador) {sudo /sbin/halt} <>
        [exec] (Reiniciar o computador) {sudo /sbin/reboot} <>
        [exit] (Sair do Fluxbox) {} <>
    [end]
[end]
O LxPanel:
Caso alguém saiba como configurar o botão "desconectar" do LxPanel (saída da sessão), por favor comente, é a única coisa que não me agrada nele.
Inicialização de programas:
Caso queiram adicionar um programa na inicialização do FluxBox, alterem o arquivo 
~/.fluxbox/menu, como o meu:
# fluxbox startup-script:
/usr/bin/fbsetroot -solid black
nitrogen --restore &
conky -c .conkyrc &
lxpanel &
exec /usr/bin/fluxbox
fbsetbg -l
Temas:
Os temas para o FluxBox deverão ser colocados na pasta 
~/.fluxbox/styles.
* O tema usado nessa instalação é o   
Shiki Ambiance, e o de ícone o  
OSX 3.3.