Coloque os scripts nesses lugares (podem ser em outros, fica ao gosto de vocês):

/etc/squid3/rewriter.php
/etc/squid3/adm.php
/etc/squid3/downloader.php
/var/www/ecache.php

Agora vamos criar o diretório que vai abrigar os arquivos e mudar as permissões de tudo:

# mkdir /var/www/ecache
# chmod a+rw -R /var/www/ecache
# chmod a+x /etc/squid3/rewriter.php
# chmod a+x /etc/squid3/adm.php
# chmod a+x /etc/squid3/downloader.php

Vamos importar as configurações do banco de dados:

# mysql -uUSER -pSENHA < ecache_db.sql

Verifique o arquivo adm.php e altere as configurações necessárias ($cache_limit, $server_ip etc).

Depois de configurar tudo é só reiniciar o Squid e tudo deverá estar funcionando.

Verifique os logs (default é em /tmp/rewriter.txt).

Esse sistema foi idéia de Luiz Biazus, que é dono de um ISP no sul do Brasil.

Ele criou um artigo, publicando seu antigo sistema, que deu origem ao fórum Biazus, onde trocamos informações e melhoramos o sistema atual junto com o Enver Rinke (que usa FreeBSD e ainda não conseguiu consertar alguns bugs pra esse sistema).

Qualquer dúvida, sugestão, visite o fórum Biazus.

Se alguém precisar de consultoria, entre em contato. :D