A autenticação biométrica envolve duas fases: registro no sistema (coleta de dados) e reconhecimento da característica biométrica. Para isso é necessário primeiramente que todos os usuários sejam cadastrados através de um dispositivo de entrada de dados, geralmente um scanner, microfone, leitor óptico ou outro meio eletrônico, para colher a representação digital (a amostra biométrica ou "live scan") que será usada na verificação do indivíduo.

O cadastramento envolve o indivíduo que irá fornecer uma amostra de sua característica biométrica, sendo que essa característica-chave será usada pelo sistema para gerar um modelo biométrico. A amostra é convertida para um algoritmo matemático que então é criptografado. Cada vez que o usuário requerer um acesso ao sistema, uma verificação / autenticação será realizada e a amostra da característica particular do indivíduo será comparada com o modelo biométrico armazenado no banco de dados.