Como executar um arquivo com a extensão .index?

Robertarayline
(usa Manjaro Linux)

Enviado em 24/07/2017 - 11:00h

O manual do programa que preciso usar diz para executar o arquivo com a extensão .index. Mas não encontro em lugar alguma como executar. Verifiquei pelo comando ls --classify se o arquivo era executável e aparece que é executável. O que posso fazer para executar esse arquivo?

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 24/07/2017 - 11:08h

nome do programa ???????

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" Nem sempre é amigo aquele que te tira do buraco !!! ( Saddam Hussein )"
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Robertarayline
(usa Manjaro Linux)

Enviado em 24/07/2017 - 11:13h

LigBuilderv1.2

removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 24/07/2017 - 11:24h

Arquivo extensão .index pode ser qualquer coisa.

Comando no terminal

file arquivo 

Troque 'arquivo' pelo nome completo do arquivo e cole o resultado no fórum, por favor.

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"That's the beauty of argument, if you argue correctly, you're never wrong."

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 24/07/2017 - 11:28h

procurei pelo programa mais não tenho certeza se eu o encontrei ... faz o seguinte ... de mais detalhes sobre esse programa e se possível poste o link

faça a principio o q o listeiro te falou !!!



------------------------------------------| Linux User #621728 |-----------------------------------------
" Nem sempre é amigo aquele que te tira do buraco !!! ( Saddam Hussein )"
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removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 24/07/2017 - 11:29h

É um programa de química. Tem um professor universitário de química aqui no fórum. Ele deve conhecer o programa e saber melhor o que fazer, dar sugestão de outros programas etc.

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"That's the beauty of argument, if you argue correctly, you're never wrong."

Robertarayline
(usa Manjaro Linux)

Enviado em 24/07/2017 - 11:45h

O link para o programa é esse file:///C:/Users/rrf/Downloads/LigBuilderv1.2/manual/download.html
Esse programa é usado para ligar fragmentos de moléculas e, assim, construir novas moléculas. Os arquivos com a extensão .index contém os parametros para executar o programa.
O comando que ele diz para seguir é:
pocket pocket.index
Quando coloco no comando de linha fica assim:
$ pocket pocket.index
bash: pocket: comando não encontrado

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 24/07/2017 - 13:17h

olha só ... eu baixei esse "LigBuilderv1.2" e no manual de instalação não vi nada de arquivo ".index" ... eu vi um index.html que é o "man" do programa .... no install dele tem isso aqui

...

 LigBuilder has four main modules, i.e. POCKET, GROW, LINK, and PROCESS. You need to compile them respectively. You can do this by simply entering each subdirectory, i.e. "pocket/", "grow/", "link/", and "process/", and typing "make" to run the Makefile scripts. The scripts will compile the source codes automatically and generate the executable codes. This can be described as:



    To compile POCKET:



        cd  pocket/

        make

        cp  pocket  ../bin



    To compile GROW:



        cd  grow/

        make

        cp  grow  ../bin



    To compile LINK:



        cd  link/

        make

        cp  link  ../bin



    To compile PROCESS:



        cd  process/

        make

        cp  process  ../bin

... 

então é só vc extrair o arquivo e dar os comandos ...



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Robertarayline
(usa Manjaro Linux)

Enviado em 24/07/2017 - 13:42h

Já extraí e compilei, tem várias pastas e cada pasta (pocket, grow, link e process) tem um arquivo com a extensão .index, que é o arquivo de parâmetro. Cada uma tem um finalidade como, por exemplo, para determinar certa área em uma proteína usa a pasta "pocket" e para executar isso o comando dado é pocket pocket.index (como no manual <ftp://162.105.160.5/pub/incoming/yxyuan/Web/ligbuilder/process.html>), mas quando coloco isso o resulta é esse:

$ pocket pocket.index
bash: pocket: comando não encontrado

Então, eu queria saber se arquivos com a extensão .index são executáveis e, se sim qual comando uso para executar?
Ou se preciso mudar a extensão para usar esse arquivo de parâmetro?

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 24/07/2017 - 13:48h

de acordo com o que vc mandou vc está fazendo errado ... o commando q vc tem que dar não é "pocket" e sim "process"

Synopsis of running PROCESS:



        process   parameter_file



    For example:



        process  process.index 

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