Como fechar?

Galera,

Fiz um scan em minha máquina com o Nmap e verifiquei que existe 2 portas abertas: 5900 e 5901; que portas são essas? Corro algum risco? Como bloqueá-las?

a maioria das distros vem com o firewall iptables... aqui mesmo no vol tem varios artigos sobre ele.

Tu precisa descobrir que serviços estão utilizando estas portas e parar a execução deles.
Como são portas altas é algum software que tu mesmo instalou na máquina. O que talvez lhe ajude a identificar o serviço é fazendo assim:

# netstat -an

Até.

caso isso seja no servidor:
iptables -I INPUT -p tcp --dport 5900:5901 -j DROP

caso seja numa maquina atrás do servidor
iptables -I FORWARD -p tcp --dport 5900:5901 -j DROP

Essas portas não são de um vncserver não?

São portas VNC Server. Normalmente são utilizados redirecionamentos dessas portas para o determinado servidor/STA a ser conectado.

Verifique

#iptables -t nat -L -n | grep 5901

#iptables -t nat -L -n | grep 5900

Valeu e abraço.