manipulando texto, mantendo cabeçalho e excluindo letras maiúsculas. [RESOLVIDO]

Gafa
(usa Outra)

Enviado em 17/08/2017 - 22:30h

Pessoal, tenho o seguinte arquivo de exemplo (porém o original tem 50 mil linhas):
>maria
ATGTGATGCAGCTAGCatgggtgagtgacATGCGTG
>josé
ATATAatgggcggtgagtgagtgagtATGTGGTGA

Gostaria de criar um novo arquivo usando shell, mantendo o cabeçalho que começa com ">..." porém na segunda linha retirar tudo que estiver em letra maiúscula.
Obrigado

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 17/08/2017 - 23:17h

v se só isso te resolve

sed 's/[[:upper:]]//g' velho.txt > novo.txt 

------------------------------------------| Linux User #621728 |-----------------------------------------

" Nem sempre é amigo aquele que te tira do buraco !!! ( Saddam Hussein )"

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msoliver
(usa Debian)

Enviado em 17/08/2017 - 23:33h

Boa noite.
Segue sugestão:
egrep -o '>?[a-z]+' arquivo >> Novo_Arq

att.:
Marcelo Oliver

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 17/08/2017 - 23:37h

kkkkkkkk ... A gente faz um 'comandinho' na humilde e aí PÁ ... aparece o professor com um comando cabuloso !!! kkkkkkkkkkkkkkkk

Fico de kra com teu conhecimento Marcelão ... cabuloso !!!

Abçs

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Gafa
(usa Outra)

Enviado em 18/08/2017 - 22:36h

Valeu Marcelo, funcionou perfeitamente, isso iria me dar trabalho, obrigado

Gafa
(usa Outra)

Enviado em 22/08/2017 - 21:20h

Maurício e Marcelo,
Hoje testei os comando que passaram nos meus arquivos reais e não com apenas uma linha de texto. O comando do Maurício funciona como gostaria, mantendo o cabeçalho, porém quando tenho mais linhas ele coloca espaço nas que havia apenas letras maiúsculas, por exemplo:

Arquivo anterior:
>file01_039393_maria
ATATATATAGCTGgagaggcggcgGATAG
GTAGATAGCTCGCTCGCTCGCTCTC
GATAGATAGggagagTAGATAGATAGA
>file02_9393_joão ......

Ficou assim:
>file01_039393
gagaggcggcg

ggagag
>file02_9393 ......

Preciso assim:
>file01_039393
gagaggcggcgggagag
tagatagatagatagatag
>file02_9393
atagatagatagatagata
tagatagatagatagatag

Preciso sem os espaço, porém mantendo o cabeçalho e mesmo número de colunas (quando possível), o programa que vou testar não reconhece assim...
Poderiam me dar um help.. obrigado

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 22/08/2017 - 21:36h

percebi q esse meu comando quando TODA a linha só tem letras maíusculas ele insere no llugar uma linha em branco ... então se não for o cso vai funcionar perfeitamente ... caso vc tenha linhas TODAS em maíusculas fiz esse aqui que elimina elas depois

sed 's/[[:upper:]]//g' velho.txt > novo.txt ; sed -i '/^$/d' novo.txt 

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msoliver
(usa Debian)

Enviado em 22/08/2017 - 21:46h

Boa noite Gafa.
É isso que precisa?
egrep -o '>?[a-z0-9_]+' listagem.txt
>file01_039393_maria
file01file01
file01file01
>file02_9393_joão
file02file02
file02file02
>file03_9393_jose
file03file03
file03file03

cat listagem.txt
>file01_039393_maria
ATATATATAGCTGfile01file01GATAG
GTAGATAGCTCGCTCGCTCGCTCTC
GATAGATAGfile01file01TAGATAGATAGA
>file02_9393_joão
ATATATATAGCTGfile02file02GATAG
GTAGATAGCTCGCTCGCTCGCTCTC
GATAGATAGfile02file02TAGATAGATAGA
>file03_9393_jose
ATATATATAGCTGfile03file03GATAG
GTAGATAGCTCGCTCGCTCGCTCTC
GATAGATAGfile03file03TAGATAGATAGA

mso

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 22/08/2017 - 21:52h

Marcelo ... pq aquele primeiro comando q passei pra ele coloca uma linha em branco ??? não era só para substituir "maiusculas" por "nada" ???

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msoliver
(usa Debian)

Enviado em 22/08/2017 - 22:26h

Boa noite Mauricio.
Na "real", o comando não coloca uma linha em branco . . .
A linha que só tem caracteres maiusculos, ele apaga tudo, ai fica em branco . . .

Para "corrigir", é só:
sed 's/[[:upper:]]//g' arquivo.txt |sed '/^$/d'

abç.:
Marcelo Oliver

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 22/08/2017 - 23:00h

certo, então, substitua "letras maiusculas" por "nada" em todas as linhas ... apagou as letras porém não as linhas onde estavam as letras, obviamente pq a instrução era substituir letras e não linhas .... isso ???

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msoliver
(usa Debian)

Enviado em 23/08/2017 - 18:03h

É isso mesmo Mauricio.
sed 's/[A-Z]\+//' => Troca maiúsculas por nada, se a linha tem somente maiúsculas, ficará vazia.
MSO