PEndrive com aplicativos executáveis

Olá,
Estou querendo utilizar o meu pendrive para programar, para que eu tenha uma facilidade no desenvolvimento eu inseri o aplicativo necessário, porém eu não consigo executar ele diretamente do pendrive. Gostaria de saber se alguém já conseguiu configurar o pendrive para executar programas dentro do mesmo, ou se esse problema que eu tenho, de não conseguir executar detro do pendrive, é alguma configuração do sistema operacional que eu utilizo.

Agradeço desde já pela colaboração,
Giovanna

1º - Deu permissão de execução? (quando copia um arquivo para o pendrive ele perde a permissao de execução, sendo necessário dar ela novamente.)

2º - O programa é dependente de alguma biblioteca?(caso a o sistema que for utilizar não tenha a biblioteca ele poderá não funcionar corretamente. Para saber se há alguma dependência rode o executável pelo terminal.)

3º - É um executável Linux?(Não é necessário nem citar, mas por via das dúvidas..)

Bom siga estas perguntas para possivelmente chegar a alguma resposta. Eu nunca tentei usar nenhum programa portable no Linux, mas creio que estes podem ser os principais problemas.

Ola Felipe,
-> Sim, eu tentei dar permissão para os arquivos porém, nem como root eu consegui, continua sempre assim:
-rw--w----
-> Não, as bibliotecas necessárias estão todas inculsas no projeto.
-> Sim, é um executável Linux.

Isso tudo eu tentei com formatação FAT.
Tentei formatae com NTSF (não sei isso é recomendável) porém, funcionou, apesar de que esta bem lento.

Se o pendrive tem menos de 8GB deixa ele formatado em fat mesmo. Umas dicas pra ajeitar a casa:
0) Antes de mais nada, FAÇA BACKUP DOS DADOS DO PENDRIVE! Vou recomendar uma formatação do pendrive, então copie os dados para algum lugar seguro!

1) Preparando o pendrive
Como é legal manter o pendrive formatado em fat, vamos recriar a partição dele. Espete o pendrive mas não o monte, e descubra que arquivo de sistema está sendo designado pra ele (isto é, /dev/sda, /dev/sdb, /dev/sdc...) com o comando:

 # fdisk -l  

Seu pendrive vai ser a única unidade com 4GB, 6GB, 8GB, etc. Anote o nome do arquivo do sistema (vou supor que /dev/sdb).
Rode agora

 # fdisk /dev/sdb  

Use o comando "d" (sem as aspas) até você deletar todas as partições do pendrive. Use o comando "n" (sem as aspas) para criar uma partição, que deverá ser primária e ocupar todo o disco (use as instruções da tela para se orientar). Use o comando "t" (sem as aspas) e informe o código 6. Saia com o comando "w" (sem as aspas) para gravar as mudanças.
Crie um sistema de arquivos no pendrive com o comando

 # mkfs.vfat /dev/sdb1  

2) Montando o pendrive
Se você não montar o pendrive corretamente, você não vai conseguir fazer nada direito com ele. Monte o pendrive com o comando

 # mount -t vfat -o umask=000,rw /dev/sdb1 /caminho/da/pasta/destino  

Agora você conseguirá executar o comando

 # chmod -R 777 /caminho/da/pasta/destino  

E seus arquivos estarão executáveis.