A instalação de programas na maioria das distribuições Linux é feita através de um sistema de pacotes, sendo os dois mais populares o DEB, criado pelo Debian e o RPM, criado pelo RedHat, além de outros menos conhecidos e menos práticos. Os programas instalados via sistema de pacotes já vem compilados e após a instalação estão prontos para uso, o que é bem mais prático do que compilar um programa, pois caso existem muitas dependências, você terá compilá-las uma a uma e verificar se deu tudo certo, para finamente poder compilar o programa principal.

A principal desvantagem do sistema de pacotes é que nem sempre você terá as versões mais recentes dos programas instalados. Então, se você quiser a versão mais recente, terá que lançar mão de baixar e compilar o programa. Depois de compilado, você instala o pacote com "make install", sobrescrevendo os arquivos instalados pelo gerenciador de pacotes.

Um exemplo, no repositório da minha distro há uma versão mais antiga do ffmpeg que não suporta decodificação do RealVideo 4.0, mas a versão mais recente lançada do ffmpeg suporta. Só que eu não quero sobrescrever o pacote ffmpeg que tenho instalado no meu sistema. A solução para isso é instalar o ffmpeg em outro diretório.

Na maioria dos pacotes fontes disponíveis para compilar e instalar usamos os comandos clássicos "./configure", "make" e "make install". Em geral o diretório padrão da instalação é /usr, onde estão contidos a grande maioria dos programas e bibliotecas do sistema, mas vamos usar outro diretório, o /opt. Este diretório é destinado a programas proprietários e todos os outros programas cuja estrutura de arquivos não se encaixa na estrutura padrão da distribuição.

Para configurar a instalação neste diretório basta adicionar a opção --prefix=/opt/nomedoprograma na linha de comando script configure:

# ./configure --prefix=/opt/nomedoprograma

Depois:

# make
# make install

Dessa forma você não afetará o sistema de pacotes padrão e ainda poderá usar a última versão dos melhores programas de código aberto. Se a instalação funcionou e o programa estiver funcionando corretamente, você pode desinstalar o pacote da versão antiga através do gerenciador de pacotes da sua distribuição.