Para resolver os diversos bugs que ocorrem na instalação padrão do Eclipse que se encontra no Ubuntu, faça o seguinte:

Baixe o J2SDK: java.sun.com.

Instale em seu diretorio: home/[usuário]/j2sdk;

Quando o download terminar, entre no Eclipse, vá em Window / Preferences. >Selecione Java e, em seguida, Installed JRES. Clique em Add no campo JRE name, dê o nome adequado à sua JRE. No JRE home directory, home/[usuario]/j2sdk. Clique em OK.

Feito isso, na tela de JRE's, selecione a nova JRE como default, e aguarde o Eclipse.

Este erro ocorre porque o Eclipse utiliza algumas API's direto da Sun, que não existem na API padrão que vem instalada no Ubuntu, que é a Blackdown, só constando API's livres.

Feito isso, o seu Eclipse irá parar de chiar tanto.