Para mudar o software padrão de abertura de determinado tipo de arquivo no gerenciador de arquivos Nautilus, faça o seguinte.

Passo 1: Clique no arquivo que você deseja com o botão direito do mouse e escolha "Propriedades".

Passo 2: Na aba "Open With" (Abrir Com) escolha o software desejado e confirme. Para testar, se ao clicar 2 x no arquivo e abrir o software escolhido, então deu certo.