Quando do lançamento do openSUSE Leap 42.1, tive o mesmo problema com a opção de rolagem natural do mouse no KDE e, infelizmente, o problema retornou no 42.2. Creio que em máquinas com touch pad no 42.1 por conta do synaptiks, isto não ocorria.

Ao tentar instalar o Synaptiks, o zypper sugeria a remoção de pacotes essenciais do KDE, aí percebi que o Synaptiks foi substituído pelo libinput, então, simplesmente removi o libinput, reiniciei e voilá, voltou a funcionar o Natural Scolling.

# zypper rm xf86-input-libinput;zypper ps


Espero ter ajudado alguém...