Existem várias maneiras de proteger um arquivo do seu Linux contra leitura de outros usuários ou contra escrita ou mesmo execução. A que eu vou citar aqui impede que qualquer usuário (inclusive o root) delete algum arquivo.

Sintaxe: chattr +i arquivo

Por exemplo, se eu quiser que ninguém delete o arquivo MORFEU do sistema, eu dou o comando:

$ chattr +i MORFEU

Pra desativar a opção +i sob o arquivo MORFEU é só pôr -i.

Exemplo:

$ chattr -i MORFEU