Para eliminar linhas em branco de um arquivo texto, utilize qualquer um dos comandos:

$ sed '/^$/d' arquivo.txt > novoarquivo.txt
ou
$ awk 'NF>0' arquivo.txt > novoarquivo.txt

Qualquer um dos dois comandos funciona.

O arquivo 'novoarquivo.txt' vai ser o arquivo sem as linhas em branco. Você vai notar também que o mesmo estará alguns bytes menor.