Estou usando o Grafix2 há um tempo, fiz até algumas dicas a respeito.
Mas tive uma canseira para fazer um lançador no desktop do MATE/GNOME, pois, não sei por qual motivo, ele só pode ser lançado a partir do diretório de instalação.
Você tem 2 caminhos:
Shell Script
Crie um arquivo texto no seu desktop, torne-o executável e insira este comando:
#!/bin/bash
cd $HOME/JGrafix;
./jgrafix2
Este wrapper muda para a pasta onde está o JGrafix. No meu caso: $HOME.
Mude para o seu caso específico.
Lançador no desktop
Crie um novo lançador e isto feito, abra em "Propriedades" e deixe como está na imagem abaixo: