Esta dica é útil para converter projetos desenvolvidos em Windows para ambientes *NIX em geral...

Primeiro teste sua busca pelos arquivos que pretende afetar:

find -name \*.php

Viu o resultado? É isto de fato que deseja afetar? Ok, vamos converter:

for i in $(find -name \*.php); do

A linha abaixo vai trocar o encode do arquivo e redirecionar o resultado para um arquivo temporário:

   iconv $i -f iso-8859-1 -t utf8 -o $i.2

A linha abaixo vai trocar as quebras de linha de Windows para Unix do arquivo temporário e redirecionar o resultado para o arquivo original:

    awk '{ sub("\r$", ""); print }' $i.2 > $i

done