O comando utilizado será o "import", que faz parte do pacote ImageMagick.

sudo apt-get install imagemagick

O comando import é bem conhecido de todos, sua sintaxe é bem simples:

import janela.png

Daí basta clicar na janela desejada e pronto, print da janela salva em "janela.png".

Para tirar o print de todo o desktop:

import -w root desktop.png

E agora o "trick" do comando, que passei ANOS usando sem perceber que existia. Eu sempre recorria ao Gimp, quanto trabalho eu teria economizado se soubesse disso antes.

Para capturar apenas uma região, basta usar:

import regiao.png

E ao invés de clicar na janela, selecione a região desejada. Para isso basta manter o botão do mouse pressionado. Quando tiver terminado a seleção, solte o botão do mouse e surpresa, job done!