Existem alguns pacotes que deverão estar instalados para tal tarefa, que podem ser instalados pelo apt-get:

# apt-get install kernel-package libncurses5-dev fakeroot build-essential

1. Descompactar o kernel baixado na pasta /usr/src:

# tar -xvjf nome_do_kernel.bz2

2. Criar link simbólico para a pasta do kernel descompactado na pasta /usr/src:

# ln -s nome_da_pasta linux

3. Caso você já tenha tentado rodar a compilação antes, faça uma limpeza do kpkg.

# make-kpkg clean

4. Copie o arquivo contendo a configuração dos módulos do kernel atual, isso ajudará bastante na configuração do no novo kernel.

# cp /boot/config-versão_do_seu_kernel .config

Obs.: Você deverá estar dentro da pasta que descompactou o kernel.

5. Para executar a configuração do kernel você deverá usar o comando:

# make menuconfig

6. Será exibida uma tela e nela você deverá ir até a opção de carregar a configuração e ele já irá pegar o .config copiado anteriormente.

7. Após carregar você poderá realizar as edições do seu novo kernel ou apenas salvar e sair.

8. Executar o comando para criar os arquivos de compilação:

# make-kpkg debian

9. Edite o arquivo version_vars.mk contido na pasta do kernel (/usr/src/pasta_descompactada/debian/ruleset/misc) seguindo a dica da próxima página.

10. Execute a compilação do kernel e o empacotamento do mesmo. Todo tuto diz isso, mas é sempre bom lembrar que essa tarefa é demorada e depende da potência do seu computador. No meu PC athlon64 3200 e 2GB RAM Dual channel FSB 800MHZ demorou cerca de 1h30min.

# fakeroot make-kpkg --initrd --append-to-version=-custom kernel_image kernel_headers

No comando --append-to-version=- existe a palavra custom, porém você poderá substituir por uma nomenclatura que desejar, só não pode ter espaços na nomenclatura que for colocada.

11. Após a compilação e empacotamento serão criados dois pacotes .deb, um referente ao header e outro imagem do kernel. No meu caso foram:

linux-headers-2.6.34-2.6.34_2.6.34-2.6.34-10.00.Custom_amd64.deb
linux-image-2.6.34-2.6.34_2.6.34-2.6.34-10.00.Custom_amd64.deb

12. Com os pacotes montados agora é só instalar como qualquer outro pacote do Debian seguindo a seguinte ordem.

# dpkg -i linux-image-2.6.34-2.6.34_2.6.34-2.6.34-10.00.Custom_amd64.deb
# dpkg -i linux-headers-2.6.34-2.6.34_2.6.34-2.6.34-10.00.Custom_amd64.deb

13. Após esse último passo é só reiniciar o PC e no grub já estará a opção de entrar com o novo kernel.

Abraço a todos, espero que tenha ajudado e estarei a disposição, caso tenham alguma dúvida.

Caso tenham alguma dúvida quanto a edição do arquivo, deixem o e-mail que envio o meu já editado.

Referência: Kernel Compilando do jeito Debian - gutocarvalho.net